伯豪生物ceRNA芯片服务

  • 来源:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心
  • 时间: 2017/9/18
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     说明: http://www.shbio.com/uploads/tmp/0/2e/201512030943448444.jpg

    全面覆盖非编码&编码基因的表达谱芯片

        近年的研究表明基因的转录调控受到多种模式的影响,其中microRNA调控是重要的调控模式。现已发现,基因的转录后调控并不是简单的microRNA-mRNA的沉默机制,而是一个复杂的调控网络:很多非编码RNA分子富含microRNA结合位点,在细胞中起到miRNA海绵miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平,这一作用机制被称为竞争性内源RNAceRNA)机制。而在ceRNA机制中,circRNAlncRNA是典型的miRNA海绵吸附体。因此,深入了解基于circRNAlncRNAceRNA调控机制,有助于我们更好的理解个体发育或疾病发生发展过程中的精细调控机制,也有利于提示我们circRNA或者lncRNA在药物开发和疾病诊治中的应用前景。


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    芯片特点:


    稳定:芯片采用Agilent eArray平台设计,使用Agilent SurePrint技术合成,探针长60mer,检出率高,技术重复性高于99%;利用芯片碱基互补杂交的方式,能够比测序技术更灵敏、稳定地对表达丰度较低的circRNAlncRNA进行检测。

    超值:芯片覆盖circRNAlncRNAmRNA。一份芯片数据同时提供三个层面的表达信息,circRNAlncRNA作为典型的内源竞争性RNA,此款芯片可以让您畅游ceRNA调控研究。

    特异性高:环状RNA -特异的反向剪接位点探针设计,保证每个探针检测的特异性,避免与母基因之间的冗余影响。


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    探针设计策略示意图


    芯片信息:



    数据分析流程:


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    高级分析展示(部分):

    ceRNA调控分析

        近年来,一些研究显示circRNAlncRNA可作为miRNA的海绵吸附体,竞争靶向的mRNA,这类circRNAlncRNA称为内源性竞争RNAceRNA)。ceRNA分析基于基因的表达值,通过回归模型分析以及种子序列匹配的方法,建立microRNA的海绵吸附作用的调控网络,找到核心的ceRNA


    ceRNA调控网络:


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    线代表不同的microRNA,蓝色为mRNA,红色为circRNA,绿色为lncRNA


    lncRNAmRNA共表达分析

        共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达调控网络。通过研究lncRNAmRNA的共表达关系,研究者可通过分析lncRNA调控能力,获得样本随实验变化的核心调控lncRNA


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    lncRNA
    靶基因预测(cistrans

         选取与lncRNA距离小于10kbgene作为cis作用的靶基因。Trans预测采用数据库是物种对应的gene序列数据库。

     

     

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    参考文献:
    1. Memczak S, Jens M, Elefsinioti A, Torti F, Krueger J, Rybak A, Maier L,Mackowiak SD, Gregersen LH, Munschauer M, Loewer A, Ziebold U, Landthaler M,Kocks C, le Noble F, Rajewsky N. Circular RNAs are a large class of animal RNAswith regulatory potency.Nature. 2013 Mar 21;495(7441):333-8. doi: 10.1038/nature11928.Epub 2013 Feb 27.
    2. Hansen TB, Jensen TI, Clausen BH, Bramsen JB, Finsen B, Damgaard CK, KjemsJ.
    Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges.Nature. 2013 Mar21;495(7441):384-8. doi: 10.1038/nature11993. Epub 2013 Feb 27.
    3. Salzman J, Chen RE, Olsen MN, Wang PL, Brown PO (2013) Cell-Type SpecificFeatures of Circular RNA Expression. PLoS Genet 9(9):e1003777.doi:10.1371/journal.pgen.1003777.
    4. Sanchez-Mejias , Tay. Competing endogenous RNA networks: tying the essentialknots for cancer biology and therapeutics. Journal of Hematology & Oncology 2015, 8:30  doi:10.1186/s13045-015-0129-1.

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