伯豪生物环状RNA芯片服务

  • 来源:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心
  • 时间: 2017/9/18
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    “Shbio human circRNA array V1.0”

    环状RNA芯片带您畅游“隐秘而未知的RNA平行宇宙”—环状RNA的海洋

    环状RNA简介 :

          环状RNA(Circular RNA,circRNA)不同于经典生物学认识的线性RNA分子,是一大类具有闭合环状结构的特殊非编码RNA。环状RNA大量存在于真核细胞中,通常具有组织或发育阶段的表达特异性,且多数序列高度保守,是扮演重要调控作用的新明星分子。circRNA由于呈闭合环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。这使得环状RNA在作为新型临床诊断标记物的开发应用上具有明显优势。

          近年的研究表明circRNA分子富含microRNA结合位点,在细胞中起到miRNA海绵(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平,这一作用机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。因此,通过与疾病关联的miRNA相互作用,circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。circRNA在基因表达调控中重要作用的发现不仅丰富了人们对ceRNA调控网络的认识,而且提示circRNA在药物开发和疾病诊治中具有良好的应用前景。

          circRNA在功能上可能具有转录后调控、与RNA结合蛋白相互作用而调控其他RNA、编码蛋白等功能。而目前对于circRNA的研究还只是冰山一角,有大量的基础研究工作有待进行。

    环状RNA成环示意图
    引自:Sebastian Memczak et al .Nature, 495,333–338(2013)

    芯片特点: 

    • circRNA所有探针设计基于国际主流circRNA数据库信息。
    •  环状RNA -特异的反向剪接位点探针设计,保证每个探针检测的特异性,避免与母基因之间的冗余影响。

    芯片信息:

                       

    数据分析流程:


    高级分析展示(部分):

    环状RNA与miRNA互作图:

      

    mRNA功能分析:

    参考文献:
    1. Memczak S, Jens M, Elefsinioti A, Torti F, Krueger J, Rybak A, Maier L, Mackowiak SD, Gregersen LH, Munschauer M, Loewer A, Ziebold U, Landthaler M, Kocks C, le Noble F, Rajewsky N. Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency.Nature. 2013 Mar 21;495(7441):333-8.
    2. Hansen TB, Jensen TI, Clausen BH, Bramsen JB, Finsen B, Damgaard CK, Kjems J.
    Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges.Nature. 2013 Mar 21;495(7441):384-8
    3. Salzman J, Chen RE, Olsen MN, Wang PL, Brown PO (2013) Cell-Type Specific Features of Circular RNA Expression. PLoS Genet 9(9): e1003777. 

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