伯豪生物目标区域捕获测序服务

  • 来源:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心
  • 时间: 2017/9/18
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    基于AmpliSeqTM 技术的序列捕获解决方案

    序列捕获测序能对基因组上某些特定的区域进行分析,但是传统的序列捕获测序技术操作复杂,实验时间长,且对DNA样品的数量要求较高。基于AmpliSeqTM技术,科学家们能够快速完成某些疾病相关基因的突变筛察。同时,本系统可还可以为有需要的科学家定制目标序列的多重PCR体系,快速完成检测流程。

    产品介绍:

    Ion AmpliSeqTM Ready-to-Use Panels

     

      Ion AmpliSeqTM Cancer Hotspot Panel v2

          针对50个肿瘤相关基因的207个常见突变区域设计了引物,在同一个EP管中进行多重PCR扩增。随后纯化扩增产物,利用Ion Torrent进行测序分析。

     技术参数:

     

    Ion AmpliSeqTM Cancer Hotspot Panel v2

    靶向序列

    50个原癌基因或抑癌基因,约2,800个COSMIC突变

    扩增子长度

    111-187bp(平均154bp)

    引物池大小

    1管内207对引物

    起始DNA需求量

    每个DNA样本10ng

     

    规格

    实际观测数据(Ion 314 TM chip

    覆盖均一性

    95%

    ≥98%

    命中目标的读数

    ≥90%

    96%

    平均覆盖深度

    NA

    >2,000X

    SNP检测灵敏度

    NA

    对于平均测序覆盖度为1,000X至4,000X的位点,5%变异频率的检测率为98%

     

          

       Ion AmpliSeqTM Comprehensive Cancer Panel

          经过精心设计获得Ion AmpliSeqTM Comprehensive Cancer Panel,可同时检测多个基因家族中的编码DNA序列(CDS)和剪接变异体。这种基于通路的基因选择描绘出了癌症驱动基因的突变谱和药物靶点,以及信号级联、凋亡基因、DNA修复基因、转录调节因子、炎症反应基因和生长因子基因等。此外,它还包含了Ion AmpliSeqTM Cancer Hotspot Panel v2聚焦的全部50个基因。

    技术参数:

     

    Ion AmpliSeqTM Comprehensive Cancer Panel

    靶向序列

    >400个原癌基因以及抑癌基因的外显子区域

    扩增子长度

    125-175bp(平均155bp)

    引物池大小

    4管内16,000对引物

    起始DNA需求量

    每个DNA样本40ng,每个引物池10ng

     

    规格

    实际观测数据(Ion 318TM chip

    覆盖均一性

    90%

    94%

    命中目标的读数

    95%

    97%

    平均覆盖深度

    NA

    350X

     

     

           

      Ion AmpliSeqTM Inherited Disease Panel

    技术参数:

     

    Ion AmpliSeqTM Inherited Disease Panel

    靶向序列

    超过300个基因的外显子,与700多种遗传病相关,包括:神经肌肉类、代谢类、心血管类、生长发育类疾病

    扩增子长度

    125-225bp(平均197bp)

    引物池大小

    3管内有超过10,000对引物

    起始DNA需求量

    每个DNA样本30ng,每个引物池10ng

     

    规格

    实际观测数据(Ion 316 TM chip

    覆盖均一性

    >85%

    90%

    命中目标的碱基数

    >95%

    98%

    >20X覆盖度的目标碱基数

    >90%

    94%

    平均测序深度

    NA

    275X

     

     

    Ion AmpliSeqTM Custom DNA Panels 

          该产品是专为科学家设计的定制产品,目标序列可以为人类或者是小鼠的DNA。上海伯豪可协助您通过Ion AmpliSeqTMDesigner创建或者订购您的panel。

     

    Ion AmpliSeqTM custom 工作流程(Ion AmpliSeqTM Designer设计Panel)

      

    Ion AmpliSeqTM Community Panels

        

         Ion AmpliSeqTM Colon and Lung Cancer Panel

    技术参数:

     

     

    靶向序列

    热点区域,与结肠癌以及肺癌相关的22个基因的靶向区域

    基因

    KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, AKT1, ERBB2, PTEN, NRAS, STK11,

    MAP2K1, ALK, DDR2, CTNNB1, MET, TP53, SMAD4, FBXW7, FGFR3,

    NOTCH1, ERBB4, FGFR1, FGFR2

    扩增子长度

    90个扩增子,平均长度162bp

    引物池大小

    一个引物池90对引物

    起始DNA需求量

    10ng

     

     

          

       Ion AmpliSeqTM BRCA1 and BRCA2 Panel

    技术参数:

     

    Ion AmpliSeqTM BRCA1 and BRCA2 Panel

    靶向序列

    BRCA1 、BRCA2基因的编码区域

    扩增子长度

    平均长度200bp

    引物池大小

    3个引物池共167对引物

    起始DNA需求量

    30ng

     

    基于Agilent HaloPlex技术的序列捕获解决方案

    HaloPlex 技术完美融合了聚合酶链反应系统的速度和特异性以及基于液相杂交体系的可扩展性和捕获片段大小的灵活性(捕获区域大小为1Kb-5Mb,推荐<500Kb区段设计)。该实验方案无需文库构建,利用单管操作,从而解决了多重 PCR 由于存在交叉杂交问题而使靶向序列数量受限的问题。


     

    Agilent HaloPlex技术流程



          除了客户自己定制序列,HaloPlex还针对特定的疾病提供设计好的解决方案,目前有以下几种,如果研究者需要研究其他疾病,可以通过SureDesign来查看。

     


    HaloPlex Panels: 
    目录研究试剂盒:
    HaloPlex Cancer Research Panel 
    HaloPlex Cardiomyopathy panel
    已定制研究试剂盒:
    HaloPlex Arrhythmia 
    HaloPlex Noonan Syndrome 
    HaloPlex ICCG 
    HaloPlex Connective Tissue Disorder 
    HaloPlex X Chromosome

    基于Agilent SureSelect技术的序列捕获解决方案

    Agilent SureSelect定制捕获可针对基因组的一小部分区段进行探针设计,从而大大降低测序及分析流程的复杂性。灵活的设计方式以及与各种高通量测序平台良好的对接能力,使得Agilent SureSelect定制捕获能够有效地满足科学家的各种定制要求。

    Agilent SureSelect DNA panels 

    SureSelect Human Kinome panel:靶序列为一系列激酶及与激酶相关的基因,靶目标超过500种激酶,612个基因。
    SureSelect X-Chromosome panel:靶向X染色体的基因。

    Agilent SureSelect Custom DNA

    技术特点:
    1) 灵活的靶向序列:1Kb-24Mb。
    2) 便捷的操作:研究者可以通过Sure Design software 或者Agilent’s Design Service轻松设计程序。
    3) 有效的工作流程:整个流程包括post-capture (XT) 以及 pre-capture (XT2) pooling。

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