伯豪生物SNP芯片服务

  • 来源:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心
  • 时间: 2017/9/18
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    Affymetrix SNP芯片服务

    芯片推荐:Genome-Wide Human SNP Array 6.0
    芯片介绍:
    Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0芯片产品涵盖超过1,800,000个遗传变异标志物:包括超过906,600个SNP和超过946,000个用于检测拷贝数变化(CNV, Copy Number Variation)的探针:

    • 482,000个SNP来自于前代产品500K和SNP5.0芯片;
    • 424,000个SNP包括国际HapMap计划中的标签SNP,X,Y染色体和线粒体上具有代表性的SNP,以及来自于重组热点区域和500K芯片设计完成后新加入dbSNP数据库的SNP;
    • 202,000个用于检测5,677个已知拷贝数变异区域的探针,这些区域来源于多基因组变异体数据库。该数据库中3,182个非重叠片断区域平均用61个探针来检测;
    • 744,000个探针平均分配到整个基因组上,用来发现未知的拷贝数变异区域。

    Affymetrix SNP6.0 芯片物理覆盖度

    芯片推荐:Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Array

    芯片介绍:这款芯片与Human SNP 6.0 芯片类似,既包含SNP探针,也包含CNV探针。一共涵盖623,000个SNP和916,000个CNV位点。
     

     

    芯片推荐:Affymetrix GeneChip Rice 44K SNP Genotyping Array 
    芯片介绍:
    芯片覆盖indica, aus, tropical japonica, temperate japonica, and group V (“aromatic”)多个水稻亚种的44,1000个SNP。 
    芯片特点:

    1.全基因组覆盖:每10kb至少包括1个SNP,每个SNP设计12个探针技术重复相关系数R> 99%。
    2.简便的样本:叶组织或抽提的DNA便可快速灵活的对遗传种质进行鉴定和分类。
    3.从实验样本DNA到数据快速转换。

    产品资料:Axiom® Rice Genotyping Array DataSheet 

     

     

    SBC也可为您提供以下物种的Affymetrix SNP芯片服务:犬、稻、生菜、胡椒、拟南芥、玫瑰、草莓、鳟鱼


    基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片

    Affymetrix Axiom平台支持全基因组关联和候选基因关联相关研究。研究者将不再受困于固定内容的芯片,全新的基因分型平台采用酶介导、单碱基测序步骤来确保实验的低成本、分型结果的高重复性和流程的全自动化。该产品参照HapMap和千人基因组计划(1KGP)数据库设计探针,与GeneTitanTM配套使用。

    芯片推荐:Axiom® Biobank Genotyping Arrays
    芯片介绍:
    能经济地对大样品集合进行基因分型,如生物样本库、基因组中心及核心实验室筛查的样品。芯片有目录版本和定制版本可供选择。

    • 功能强大、适合主要人类族群的高覆盖度分析的全基因组关联研究(GWAS)分型模块;
    • 适合外显子组分析Axiom® Exome外显子分型模块;
    •  吸收、分布、代谢和排泄(absorption, distribution, metabolism, and excretion ,ADME)及其他临床相关的标记;
    •  新发现的功能丧失变异,包括外显子组测序项目中发现的序列插入和缺失。

    芯片推荐:Axiom® miRNA Target Site Genotyping Arrays
    芯片介绍:
    一款人类全基因组范围评估miRNA靶基因位点的高密度基因分型工具。该芯片可检测在miRNA级联放大反应中影响基因功能的238,000个SNP和插入缺失位点,包括miRNA、它们的mRNA靶基因位点以及沉默机制相关的位点。其中80%的位点是在其他相关基因分型芯片上所没有的。因此也可以用它来补充一些GWAS研究和基因调控相关的研究

    芯片推荐:Axiom® Genome-Wide Population-Optimized Human Arrays
    芯片介绍:
    覆盖不同人种的稀有和常见变异,关注与疾病密切相关以及功能相关的SNP,包含Axiom®中国人基因分型芯片(CHB 1和CHB 2)。

    芯片推荐:人 Axiom® Exome Genotyping Arrays
    芯片介绍:
    完整的外显子组基因分型芯片,可筛查功能变异,有助于更好的发现新的人类编码区SNP以及插入缺失。

    芯片推荐:牛 Axiom® Genome-Wide BOS 1 Bovine Array
    芯片介绍:
    此款芯片是与牛基因分型领域的重要科学家合作开发的,实现了准确的遗传价值评估、全基因组关联研究(GWAS)、生物多样性和连锁不平衡(LD)研究。此芯片旨在大限度提高Bos taurus和Bos indicus品种的遗传和物理SNP覆盖度。芯片超过640,000个SNP标记,代表了来自Affymetrix牛基因组数据库的大约300万个SNP的遗传多样性。

    芯片推荐:水牛 Axiom® Buffalo Genotyping Array
    芯片介绍:
    Axiom® Buffalo Genotyping Array带来了多个物种和品系的水牛(Bubalus bubalis bubalis和Bubalus bubalis carabanensis)中多态性SNP全基因组范围覆盖,这些水牛是意大利、巴西和南亚重要的肉牛和奶牛之一。此芯片是目前市场上一款高密度的水牛基因分型工具,含有90,000个常见和稀有标记。。

    芯片推荐:鸡 Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array
    芯片介绍:
    此芯片是第一款商业化的高密度鸡基因分型芯片。此芯片包含580,000常见和稀有的变异标记,这些标记存在于商业的蛋鸡和肉鸡以及非商业的远交群中。它适用于蛋鸡和肉鸡的基因组选择研究、全基因组关联研究、高分辨率遗传图谱、孟德尔性状作图及选择进化研究。

    芯片推荐:玉米 Axiom® Maize Genotyping Array
    芯片介绍:
    玉米是一个二倍体物种(n=10),其基因组大小为2.5Gb。不同品种的玉米基因组表现出重复DNA和高的基因组与结构多样性。玉米还表现出50-300bp的极低连锁不平衡(LD),从而需要非常高密度的芯片来研究单倍型结构和基因组多样性。Axiom Maize Genotyping Array带来了极高密度的(600K)全基因组SNP覆盖。这些多态性SNP在285个硬粒型(Flint)和马齿型(Dent)玉米中检测到,代表了161个来自世界各地的不同品种。

    芯片推荐:三文鱼 Axiom® Salmon Genotyping Array
    芯片介绍:
    此款芯片由Affymetrix联合苏格兰的科学家共同开发,包含130,000个SNP标记。芯片上的高密度标记确保了三文鱼基因组的广泛覆盖,又避免了重要区域的代表性不足。此芯片适用于三文鱼复杂性状研究、分子育种、选择进化研究。

    芯片推荐:大豆 Axiom® Soybean Genotyping Array
    芯片介绍:
    此款芯片也称为Axiom® SoyaSNP 96-Array Plate,共包括180,961个标记,适用于对栽培和野生的大豆品种进行基因分型。它是全基因组关联研究和高密度遗传作图的理想选择,可确定野生及栽培大豆种质中的重要适应性基因。

    芯片推荐:小麦 Axiom Wheat HD Genotyping Array &Breeder’s Genotyping Array

    芯片介绍:小麦的基因分型芯片是通过Affymetrix专家设计项目与英国布里斯托大学合同设计的。芯片有两种:高密度(HD)的芯片包含817,000个SNP位点,而Breeder’s基因分型芯片包含35,000个SNP位点。这些芯片上的标记都可以在CerealsDB网站(http://www.cerealsdb.uk.net/)上查询。

     

    芯片推荐:Affymetrix GeneChip Rice 44K SNP Genotyping Array 
    芯片介绍:
    芯片覆盖indica, aus, tropical japonica, temperate japonica, and group V (“aromatic”)多个水稻亚种的44,1000个SNP。 
    芯片特点:
    1.全基因组覆盖:每10kb至少包括1个SNP,每个SNP设计12个探针技术重复相关系数R> 99%。
    2.简便的样本:叶组织或抽提的DNA便可快速灵活的对遗传种质进行鉴定和分类。
    3.从实验样本DNA到数据快速转换。
    产品资料:Axiom® Rice Genotyping Array DataSheet

     

     

    SBC也可协助研究者根据实验需求,定制Axiom® myDesign™ Genotyping Arrays。 

    服务相关(以Affymetrix SNP6.0芯片为例)
     

    样品要求

    1.样品纯度:OD 260/280值应在1.7~2.0 之间, A260/A230 > 1.5;RNA 应该去除干净;不含有其它个体或其它物种的DNA污染。
    2.样品浓度:浓度不低于55ng/µl;
    3.样品总量:每个样品总量不少于2µg 。
    4样品溶剂:溶解在Reduced TE (10mM Tris, pH 8,0,0.1mM EDTA)中。
    5.样品运输: DNA低温运输(-20℃);在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染;

    服务流程


    数据分析

    Affymetrix SNP芯片服务应用案例

    Affymetrix Axiom HD chicken genotyping array

     

     

    Affymetrix Genechip Human Mapping 50K Xba array

    Affymetrix GeneChip Human Mapping100KArray
    Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0 Array

    Illumina SNP芯片服务

    Omni家族芯片
    Omni芯片家族自2009年上市以来,已经提供了一系列灵活的芯片,它们带来了精选自国际HapMap计划和千人基因组计划的常见和稀有变异。有了Omni芯片家族,研究人员能够立即开始新一代GWAS、基因分型和比较基因组研究。

    注:Omni家族芯片同款一般有两种类型:一种是芯片的SNP位点固定,另一种是可自定义添加SNP位点。自定义位点是在芯片SNP位点基础上,可自定义添加位点数,N/A表示不能添加。

    Human Omni ZhongHua-8 BeadChip芯片服务 (推荐!)
    特别覆盖中国人特有的常见和稀有变异

    • 第一款人类种群特异的全基因组芯片,经过优化的标签SNP内容来自HapMap所有三个阶段以及千人基因组计划(1kGP),可用于在中国人种群中探索全新的疾病和性状关联。
    • 特别覆盖中国人81%的常见变异(MAF> 5%)和60%的稀有变异(MAF > 2.5%),适合全基因组关联研究(GWAS)。
    • 采用Illumina专利的BeadArrayTM技术,可提供非常高的数据质量,平均检出率> 99%,重复率> 99.9%。

    HumanOmni5-Quad芯片服务(推荐!)
    人类变异的高密集覆盖

    • 4个样品的Omni5芯片特有超过430万个标记物/样品。
    •  特有来自千人基因组计划的新颖、常见和稀有变异。除了提供人类变异(MAF低至1%)的密集覆盖,覆盖了基因组中与疾病关联的高价值区域,包括基因区域、MHC区域和非同义SNP。
    • 特有来自千人基因组计划的近5000个插入缺失和多碱基替换标记物,能帮助研究人员阐明结构变异如何影响性状和疾病。
    • 可自定义的 500K位点让研究变得更具灵活性,可以方便更高密度靶定基因组的特定区域。

    动植物全基因组分型芯片解决方案

    SBC同时可提供Illumina合作者基于Infinium技术研发的苹果,梨,樱桃,番茄,马铃薯,山羊SNP芯片等。

    Illumina定制SNP芯片

    iSelect 定制芯片平台

    Infinum采用了Illumina专利的InfinumHD检测技术,为每一个SNP位点设计一个微珠,反应通过50个碱基的探针和样品杂交,并通过末端单碱基延伸完成,末端双色标记(Cy3,Cy5)来检测该位点的等位基因情况。充分保证了检测的高灵敏性和特异性以及准确性。反应无需PCR,不依赖于限制性内切酶,无需电泳,保证了高质量的数据。

    •  高通量的Infinium检测技术,检出率高;
    • 除了SNP外,还可以针对拷贝数变异(CNV)进行设计;
    • 任意物种、任意位点随意组合。
     
    iSelect技术原理


    GoldenGate定制芯片平台
    Illumina专利的GoldenGate技术是理想的中等通量自定义芯片技术,不仅可以定制SNP基因分型和拷贝数变异(CNV)检测芯片,还可以定制DNA甲基化芯片。

    •  低成本的中等通量基因分型解决方案
    • 方法经典可靠,为HapMap计划主要应用平台
    • 数据质量高,平均响应率﹥99%
    • 定制灵活
    GoldenGate技术原理
     

          科研工作者除可利用HapMap,dbSNP等数据库挑选SNP位点外,Illumina可免费对客户提供的rs号,基因名称,序列或要研究的区域的位置进行生物信息学分析,挑选SNP位点并进行位点实验成功率评分,评分结果返回用户处后和用户沟通一起来确定要进行研究的SNP位点,以合成探针组(OPA),进行基因分型的研究。一个样品可以同时进行96,384,768、1536或3072个SNP位点的研究。

          目前,SBC已经完成的GoldenGate定制SNP芯片项目物种有:人,大豆、鱼等。

    Illumina SNP芯片服务应用案例

    Illumina Human1M-Duo beadchip array

    Illumina Human 610-Quad BeadChips

     

上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心

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