伯豪生物CytoScan HD芯片服务

  • 来源:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心
  • 时间: 2017/9/18
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     染色体水平的缺失、重复等变化是细胞遗传学研究的热点。以往科学家运用核型分析、荧光原位杂交(FISH)等技术已获得染色体结构变异的许多可贵进展,但这些传统技术分辨率低、且只能定性分析。Affymetrix推出CytoScanTM HD细胞遗传学芯片解决了上述问题,能够在全基因组范围内高分辨率的检测DNA拷贝数的变异。

    一、产品亮点:

    1. 目前密度较高的细胞遗传学芯片。含有超过270万种探针,同时具备CNV探针和SNP探针,包括 75万个SNP探针和195万个拷贝数探针。CNV探针平均覆盖全基因组,对于>40kb的基因组结构变异检出率达99%。SNP探针进行SNP分型的准确率高于99%。

    2. 不但能检测基因缺失、重复,还能检测杂合性缺失(LOH,loss of heterozygosity)和单亲源二体(UPD,uniparental isodisomy)

    3. 基因覆盖全面。百分百覆盖ISCA constitutional genes、Sanger cancer genes,同时覆盖96%的RefSeq genes。

    二、CytoScanTM HD芯片具体参数:

    基因覆盖情况:

    三、服务相关

    样品要求
    1. 样品纯度:OD 260/280值应在1.7~2.0 之间, A260/A230 > 1.5;RNA 应该去除干净;不含有其它个体或其它物种的DNA污染。
    2. 样品浓度:浓度不低于55ng/µl;
    3. 样品总量:每个样品总量不少于1µg 。
    4.样品溶剂:溶解在Reduced TE (10mM Tris, pH 8,0,0.1mM EDTA)中。
    5. 样品运输: DNA低温运输(-20℃);在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染;

    服务流程

     


     

     

    四、CytoScanTM HD芯片数据分析流程:

    Affymetrix基因芯片数据分析流程图

    数据分析说明:

    Affymetrix Genechip Scaner产生的原始数据Cel文件,经过Affymetrix自带软件AGCC(Affymetrix GeneChip Convert Console)将Cel文件转换成Cychp文件,Cychp文件用Affymetrix自带软件CHAS(Chromosome Analysis Suite)分析。通过和各种数据库结合,每个患者CNV的性质根据一系列完整的流程分成四类:临床致病性CNV(Variation of clinic significance, VCS)、临床可能致病性(Variation of possible significance, VPS)、不能解释(Variation of unknown,VUS)以及良性CNV(Benign CNV)。

    基本分析

     1 单个样本的每个染色体的CNVLOH展示。其中CNV用蓝色(扩增)与红色(缺失)表示,LOH用紫色表示。

    也可将多个样本的CNV及LOH结果分别展示,可以比较多个样本间的CNV及LOH的差异:

    图 2 多个样本的CNV及LOH展示图。本图为多个样本的LOH结果展示。

    log2Ratio和Allele difference 总图

    图 3每个样本log2Ratio和Allele difference 总图。

    高级分析结果

    图 4 GISTIC软件对各样本的CNV作图,展示各样本拷贝数变异在不同染色体上的分布。

     

    五、应用案例

    用基因芯片技术揭示慢性淋巴细胞白血病与10q24.32复发性等位基因缺失有关

    在2012年3月美国遗传医学学院会议上,犹他大学与ARUP公司诊断实验室做了联合使用Affymetrix基因芯片分析揭示慢性淋巴细胞白血病与10q24.32复发性等位基因缺失有关的报告。慢性淋巴细胞白血病具有非常多样化的临床表型。而通过染色体的畸变类型可以判断病人属于哪种CLL亚型,评估预后以及检测残留病灶,所以正确识别相关的畸变对于病人管理具有非常重要的意义。基因芯片之所以在CLL预后的重要性中获得认可,是因为其在检测拷贝数变异(CNVs)方面具有非常高的分辨率。
    此项研究中,10例CLL样本全部由CytoScan HD(Affymetrix)芯片检测CNVs。其中两个独立的样本中都发现了10q24.32的微观间质性缺失。这两个样本中检测到的缺失片段大小均在670kb左右。缺失区域包含TMEM180, ACTR1A, SUFU, TRIM8, ARL3, SFXN2, C10orf26, CYP17A1, C10orf32, AS3MT及CNNM2基因。而另一个案例检测到的10q末端缺失伴有10q24.1的断裂点。在这些基因当中,SUFU是肿瘤抑制基因,TRIM8是生长抑制基因。它们可能是该临床显著缺失区域的候选基因。

    随后,为了调查这些缺失是否是CLL的普遍变化,该小组又用荧光原位杂交(Fluorescence in Situ Hybridization,FISH)的方法针对SUFU和TRIM8基因设计探针,验证了20余个CLL样本。FISH结果显示该区域的缺失在其中3例样本中有发现,而在30例样本中的总数为6个(达到20%,包括10q的大片段缺失)。类似的缺失在采用全基因组芯片对23例急性淋巴细胞白血病样本进行的分析中没有发现。这些缺失在DGV数据库中同样没有General population注释,是全新的发现。

    原文:Genomic microarray analysis of chronic lymphocytic leukemia reveals a recurrent monoallelic deletion of 10q24.32. American College of Medical Genetics (ACMG) 2012, 29 March 2012, Abst #139.

    CytoScan HD 芯片服务应用案例

    Affymetrix CytoScan HD Array

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