伯豪生物Ion Torrent测序服务

  • 来源:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心
  • 时间: 2017/9/18
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     肿瘤的发生往往是由于某些原癌基因(oncogenes)或者抑癌基因(tumor suppressor genes)的热点区域发生了突变。快速、简便地鉴定肿瘤相关基因热点区域的突变对于肿瘤研究具有重要意义。传统的设计引物、PCR扩增、构建测序文库、Sanger测序的方法费时费力,需要花费一个星期以上的时间来完成。

    利用Life technologies公司发布的新一代Ion Torrent半导体测序平台和Ion AmpliSeqTM Cancer Hotspot Panel V2试剂盒。科学家们能迅速对50个原癌基因和抑癌基因的207个突变频发区域进行检测,从构建文库到得到分析好的数据仅需10个小时。上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心是国内基因组学领域技术服务的领军企业,为大家提供完整的肿瘤相关基因筛查服务。

    一、上海伯豪Ion Torrent测序服务

    Ion Torrent是新一代的测序技术,它的问世给测序技术的应用带来了激动人心的进展。它采用了半导体技术和简单的化学试剂进行DNA测序,而不是使用光作为媒介。在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后依次掺入ATCG。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到,通过对H+的检测,实时判读碱基。

    技术优势:

    • 更准确:系统无激光光源,无化学系统,无照相系统;使用无标记的核苷酸及酶进行测序,本底干扰低。通过对H+的检测,明显改善碱基判读准确性。
    • 更快速:标准测序时间仅为2-3小时,24小时之内可完成6-8轮实验;达Sanger测序方法每天测序通量的数千倍以上;弥补了已有高通量测序方法“无快速测序模式”的缺陷。
    • 更灵活:通量为10M,100M和1G芯片可以任意选择。测序长度可以为35bp、100bp和200bp。

    实验流程:

    文库制备—“油包水”PCR—半导体芯片测序—数据分析

    技术原理:

    1. 脱氧核苷酸分子流过芯片微孔;
    2. 如果脱氧核苷酸与微孔中的DNA分子互补,则该核苷酸被合成到DNA分子中,并且释放氢离子,该孔溶液的PH发生变化;
    3. 感应层检测到PH变化;
    4. 感应层将PH变化的化学信息转变为电压变化信息;
    5. 电压变化信息转变为数字电子信息。如果DNA链含有两个相同的碱基,则记录电压信号是双倍的。如果碱基不匹配,则无氢离子释放,也就没有电压信号的变化。

    二、Ion AmpliSeqTM Cancer Hotspot Panel V2服务

    序列捕获测序能对基因组上某些特定的区域进行分析,但是传统的序列捕获测序技术操作复杂,实验时间长,而且对DNA样品的数量要求较高。基于Ion Torrent测序仪,life technologies发布了Ion AmpliSeqTM Cancer Hotspot Panel V2试剂盒,利用这款试剂盒科学家们能够快速完成50个肿瘤相关基因的突变筛察。

    实验原理:

    life technologies针对50个肿瘤相关基因的207个常见突变区域设计了引物,在同一个EP管中进行多重PCR扩增。随后纯化扩增产物,利用Ion Torrent进行测序分析。

    从构建文库到拿到分析好的数据,整个过程仅需10个小时。

    技术参数:

    技术亮点:

    1. 多重:科研人员不再局限于少数几个基因,而是能够同时快速分析50个基因。
    2. 10ng DNA:样品起始量低,使得研究人员能挑战高难度样品,例如FFPE样品。
    3. 1天:整个实验流程,从样品到数据分析完毕仅需10小时,其中建库时间仅需3.5小时。

    Ion AmpliSeqTM Cancer Hotspot Panel V2试剂盒所能分析的基因列表

    Ion Torrent测序应用案例

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