伯豪生物RAD-seq服务

  • 来源:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心
  • 时间: 2017/9/18
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     RAD-seq技术简介:

    基于限制位点相关DNA (Restriction-site Associated DNA,RAD)的测序技术,即RAD-seq,是一种对酶切产生的基因组标签序列(Tags)进行高通量测序的新技术,该技术能够大幅降低基因组的复杂度,可快速在全基因组范围内鉴定出高密度的SNP位点。

    对没有参考基因组的物种而言,RAD-seq技术不受已知基因组序列的限制,即可大规模筛查SNP位点;基因组的复杂度被大幅降低,从而降低了测序成本,因而特别适合在群体水平进行研究; 以往的技术在获得SNP位点信息之后,需要通过设计相应引物,再利用基因分型技术对每个样本进行分型,然后RAD-seq技术获得SNP位点信息的同时,也就获得了每个样本的基因型。对有参考基因组的物种而言,数据分析更加简便,并且能够有效开发新的SNP位点。另外,我们可以在测序前,通过对限制性内切酶进行选择,灵活调整Tags的复杂度,适应不同的研究需要。

    获得的大量SNP分型信息,主要可用于遗传连锁图谱的构建,QTL定位和群体遗传分析。此外,还可以在全基因组测序项目中辅助序列的组装。

    文库构建技术流程:

    图1. RAD-seq文库构建流程(Baird等,PLoS ONE,2008)

    A.对基因组进行酶切后,连接P1接头(含有barcode);
    B. 随机打断;
    C. 连接P2接头;
    D. 通过PCR筛选同时带有P1和P2接头的序列;片段大小选择;测序。

    数据分析流程:

    图2. RAD-seq数据分析流程

    数据分析内容:

    1. 遗传连锁分析

    测序策略
    (1) PE100测序;
    (2) 亲本:分别10X以上;
    (3) 子代:F1、F2 等临时性群体,推荐每个个体平均测序深度为0.8-1X;RIL、DH等永久性群体,推荐每个个体平均测序深度为0.6X。

    基础信息分析
    (1) 对于无参考基因组的物种,进行个体 RAD tag 聚类与群体 RAD tag 聚类;对于有参考基因组的物种,与参考基因组进行比对;
    (2) SNP 检测

    高级信息分析
    (1) 遗传图谱构建
    (2) QTL 定位(需提供表型数据)

    2. 群体遗传学分析

    测序策略
    (1) PE100测序;
    (2) 推荐每个个体平均测序深度为基因组大小1.5 X。

    基础信息分析
    (1) 对于无参考基因组的物种,进行个体 RAD tag 聚类与群体 RAD tag 聚类;对于有参考基因组的物种,与参考基因组进行比对;
    (2) SNP 检测

    高级信息分析
    (1) 进化树分析(Phylogeny tree)
    (2) 群体结构分析(Structure)
    (3) 群体主要成分分析(PCA)

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