全新NimbleDesign闪亮登场, 玩转探针设计So Easy!

来源: 罗氏诊断产品(上海)有限公司   2015-6-9   访问量:3381评论(0)

      NimbleDesign 是罗氏NimbleGen推出多年的序列捕获探针免费在线设计软件。其便捷的操作流程和强大的探针设计能力配合NimbleGen SeqCap EZ Choice/ Choice XL产品已帮助众多研究者完成了针对人类基因组的测序前高品质靶向序列富集。

      全新一代NimbleDesign已于6月1日闪亮登场,除了一如既往的便捷高效以外,新一版的设计软件带来了更强大的功能。

               图1. NimbleDesign 主页, 注册时请选择China区域

 

·更多的物种覆盖

除了人类基因组外,现在可以对小鼠进行DIY探针设计,专注于模式生物的研究者也可以轻松的运用NimbleDesign随时自己动手设计捕获探针。优化的小鼠探针池确保对于小鼠基因组任意区段的高效捕获。

·更便捷的设计流程

设计完成之前无需研究者预先定义Panel规格,让捕获产品设计流程变得更加轻而易举。除了提交目标区域起始坐标之外,研究者可以通过上传基因名称或是通过搜索功能在线添加相关基因来完成设计,操作流程更加便捷。

·增加针对RNA序列进行探针设计功能

除了针对基因组DNA进行探针设计的应用以外,全新的NimbeDesign 还加入了针对RNA序列进行靶向富集的SeqCap RNA探针设计功能。在RNA测序之前引入序列捕获技术特异性的富集研究相关cDNA可以极大的提高对其检测灵敏度,定量能力以及对微量表达转录本的拼接能力。NimbleDesign针对RNA序列进行探针设计的能力配合NimbleGen的SeqCap RNA系列产品将使研究者在转录组层面的研究更加深入全面。                  

图2. NimbleDesign 全新的功能选项

      除了上述的新增功能之外,全新的NimbleDesign保持了一如既往的高品质探针设计能力,针对每次捕获可设计多达210万种探针。高密度叠瓦式排布的探针确保目标区域中的包括片段插入缺失等各种类型突变的一网打尽。NimbleDesign使用独特的Repeat Mask算法,可针对目标区域的更多序列直接进行探针设计,以确保其高覆盖率与覆盖均一性。

 

图3. NimbleDesign的自有算法可以更好的针对目标区域进行探针设计,如上图中对11号染色体上一个500kb区域的探针设计,黑色区域显示出两种不同算法所能覆盖到的区域,红色区域显示只有NimbleDesign的设计能够覆盖的区域,从图中可以看出,NimbleDesign的设计算法遥遥领先于其他软件。

      现在您只需花一分钟时间注册账户,即可开启玩转基因组靶向富集之旅。 您可以全天候零距离的利用NimbleDesign根据研究需要,在人类和小鼠基因组,转录组的任意目标区域灵活的设计探针。NimbleDesign高精度,高覆盖率的探针设计,将让您的靶向测序变得轻而易举!

      更多信息请访问NimbleDesign网站https://design.nimblegen.com

  

 



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