厉害了,博奥晶典10X单细胞ATAC-seq项目完成测试

来源: 北京博奥晶典生物技术有限公司   2019-1-21   访问量:2179评论(0)

        博奥晶典作为国内最早一批引入单细胞测序平台的公司,一直致力于大规模单细胞测序产品的开发和打磨。最新推出的基于10X Genomics平台的单细胞ATAC-seq技术作为表观遗传研究的手段再次引发了学术界的一股热潮。

图1 博奥晶典单细胞测序技术

 

        日前,博奥晶典顺利完成了基于10X Genomics平台的单细胞ATAC-seq项目测试。闲言少叙,下面跟随小编一起见证这激动人心的时刻吧!

 

 

 

测试实验即将开始

 实验开始之前,实验人员就做了大量的准备工作,熟悉了操作流程。以确保实验的顺利进行。

图2 单细胞ATAC-seq实验流程

 

01

样本制备流程

 

实验样本:某实体组织;

制备方法:组织 → 单细胞悬浮液 → 单细胞核悬浮液;

参考指南:单细胞悬浮液制备指南;单细胞核悬浮液制备指南;

 

两步质检:单细胞悬浮液质检;单细胞核悬浮液质检。

图3 前处理实验过程

图4 样本质检结果

 

 

质检结果显示单细胞悬浮液样本制备结果良好。单细胞核悬浮液的核提取率较高,核膜完整性良好(图4)。

02

10X Genomics平台分选建库

 

在10X Genomics平台分选建库之前,再来熟悉一遍单细胞ATAC-seq技术原理。

首先,转座酶进入细胞核,并优先在染色质的开放区域片段化DNA,同时在DN**段的末端添加测序引物。

 

其次,带有条形码的凝胶珠和单个细胞核包裹在油滴中。每个油滴内,凝胶珠溶解,细胞核裂解释放片段化的DN**段,接下来给每个细胞核内的DNA加上barcode,液体油层破坏后带有barcode标签的DNA进行后续文库构建。

图5 单细胞ATAC-seq技术原理

 

单细胞核悬浮液样本制备好后,我们跟随着实验人员的步伐进行单细胞的分选和建库步骤。

每一步看似简单的步骤都有很多需要注意的细节,考验实验人员操作手法的同时也需要他们在10X Genomics平台上积累的大量经验。整个过程从实验设计到操作,实验人员都表现出了专业性、严谨性以及令人佩服的敬业精神,在这里献上小编深深的敬意。

 

经过一番紧张的操作之后,实验人员对文库构建结果进行了检测。最终质检结果完美的呈现在大家眼前。与预期结果一致,文库构建成功(图6)。

图6 10X Genomics平台分选建库流程和文库质检结果

 

03

数据分析成果展示

 

根据检测到的DN**段,绘制Peak峰图,可以直观反映细胞内染色质可及性在基因组上的位置分布信息。

 

利用DN**段信息,绘制Motif位点图,预测可能与转录因子结合的位点信息,进行数据挖掘。

图7 Peak峰分析和Motif位点预测

 

04

分群结果展示

 

 

对染色质可及性的位置信息和数量信息进行统计绘制细胞分群图,可用于注释不同的细胞类型。

至此,首个单细胞ATAC-seq实验项目已顺利完成。

 

总结

充足的实验前准备工作,丰富的实操经验,细心的团队伙伴,稳定的结果产出,这一切都来之不易,又十分必然。

 

☆☆☆

 

好消息

随着测试实验的顺利完成,

单细胞ATAC-seq测序开始正式承接服务。

感兴趣的各位老师可以抓紧抢订优惠名额啦!

 

博奥晶典单细胞测序平台介绍

 

博奥晶典作为国内第一批引进10X Genomics平台的公司,率先在国内开展上万级通量的单细胞转录组测序服务。目前已经完成了1000多个样品、50种不同样品类型的服务,覆盖的物种和样品类型包括人和小鼠的肝脏、肺脏、皮肤、心脏、脑、肾脏、血液、卵巢、神经,以及鸡、斑马鱼、猪、水稻、拟南芥、油菜、白菜、橄榄等,是目前国内大规模单细胞测序经验丰富的公司。博奥晶典支持10X Genomics单细胞转录组测序的国内科研论文发表在《PNAS》,并且目前为止该平台国内高分科研论文发表在国际干细胞领域顶级期刊《Cell Stem Cell》。

 

 

博奥晶典于2018年9月与BD(中国)成立单细胞研究联合实验室,致力于大规模单细胞测序产品的开发和打磨,目前可开展如下单细胞测序产品的服务。

 

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