你不知道的DNA探针(一)

来源: 西安百萤生物科技有限公司   2019-3-29   访问量:1463评论(0)

脱氧核糖核酸(或DNA)是生物学中最重要的大分子之一。它可作为蛋白质合成等关键细胞过程的指导,是大量细胞结构的蓝图。由于DNA的重要性,已经开发了许多可视化和量化工具。已经创建了用于检测各种应用中的DNA的试剂和探针 - 显微镜,凝胶电泳和流式细胞术等等。市场上有超过50种不同的染料,确定任何给定实验的最佳染料可能有点压倒性。为了简化这个过程,我们认为这是10种最佳DNA染料。


溴化乙锭Key:价格便宜、技术成熟、橙色荧光、荧光显微镜、凝胶电泳


溴化乙锭(EtBr)是最受欢迎的DNA探针之一。这是因为它是第一批商业化的产品之一。早在20世纪50年代,它就被用来治疗牲畜疾病。在20世纪70年代,科学家开始将其用作DNA探针。除了早期采用,溴化乙锭相对便宜。即使是大批量生产,它仍然非常实惠,每克约30美元。

溴化乙锭非常适合在琼脂糖凝胶电泳中染色DNA。它还可用于检测PCR中的dsDNA。DNA结合后,EtBr的亮度增加约20倍。当被UV光(~300nm)激发时,它释放橙色荧光(605nm)。溴化乙锭也可以根据RNA折叠发生的程度来检测RNA。然而,溴化乙锭不是检测活细胞中DNA的良好探针。这是因为它对完整的细胞膜是不可渗透的。

多年来,人们对溴化乙锭的使用产生了健康问题。特别是,人们对溴化乙锭作为诱变剂的作用提出了担忧。当大量暴露时,溴化乙锭会干扰人体中的DNA复制和转录。这是由于其作为嵌入剂的特性。然而,在低浓度下,它不被视为危险废物。这引发了关于溴化乙锭是否适合传统实验室使用的激烈争论。

碘化丙啶Key:流式细胞仪、多路复用、红色荧光、死细胞、不渗透、488nm


碘化丙啶是DNA探针和嵌入剂。它与溴化乙锭属于同一化学家族。与溴化乙锭一样,碘化丙锭具有形成其核心的含氮环结构。它的不同之处在于它具有另外的季胺,其与碘离子离子结合。与DNA结合后,碘化丙锭的荧光增加20-30倍。如果发生折叠,它也可以与RNA结合。碘化丙锭是膜不可渗透的。它只能进入膜受损的细胞。这使其成为识别死细胞的极佳探针。它还可用于定量评估生物样品中的DNA含量。

碘化丙啶没有序列偏好,每4-5碱基对大约结合一次。它可以通过氙灯或*灯以及488 nm氩离子激光器激发。由于其在617nm处的发射,它可以容易地用于多重测定。它可以与绿色荧光探针如荧光素结合使用。它也可以用作多色分析的复染剂。

就价格而言,它比溴化乙锭(每克约1000美元)贵得多。然而,它是用于流式细胞术的非常常见的染料。它还可用于荧光显微镜和荧光光谱。本产品,百萤有售,见货号Cat#17515。

结晶紫Key:凝胶电泳、无荧光、灵敏度差、价格便宜、无毒)


结晶紫是一种简单的化合物,由三个结合苯环组成,附着在三个胺上。它长期以来一直用于各种医学目的,既可作为抗菌剂又可作为局部防腐剂。它也具有作为组织学染色剂的长期使用历史,其早期用途可追溯到1800年代后期。结晶紫可能因其在革兰氏染色中的应用而广为人知,以确定细菌是革兰氏阳性还是革兰氏阴性。作为DNA探针,结晶紫可用于凝胶电泳中的核酸检测。在这些应用中,它可用作荧光探针(如溴化乙锭)的替代品。这是一个特别有力的优点,因为使用紫外光源激发荧光探针可能导致DNA降解。然而,对这种结晶紫的应用的权衡是灵敏度的损失。在实验中,结晶紫被证明对DNA的敏感性低于荧光探针如溴化乙锭。尽管溴化乙锭可以在凝胶带中检测到1 ng的DNA,但结晶紫的灵敏度约为16 ng。如果使用复染剂如甲基橙,则该灵敏度可提高至8 ng。但是,它仍然不如溴化乙锭敏感。

在定价方面,水晶紫是非常实惠的。它也是相当无毒的。如果健康问题是一个问题,结晶紫可以作为一些更危险的化合物,如溴化乙锭的无毒替代品。

dUTP-缀合探针Key:多功能,直接标记,杂交,PCR,FISH,DIG-dUTP


dUTP-缀合探针一类灵敏DNA检测探针,主要是由于它们提供的实验灵活性。基本思想是使用所谓的链接器将探针附加到dUTP。然后,通过分子技术将dUTP掺入DNA中。这也将探针结合到DNA大分子中。以这种方式,DNA被探针标记。因为dUTP可以与许多不同的探针缀合,所以dUTP-缀合物具有广泛的潜在应用。例如,dUTP探针可用于监测PCR反应。它们也可以用作FISH程序中的探针。通常,dUTP探针在发生DNA杂交的情况下表现优异。

一些最常见的dUTP缀合物包括用洋地黄毒苷(DIG),生物素和荧光素等化合物标记。用这些化合物标记都提供用于DNA检测的非放射性探针。特别是这些探针也在免疫测定如ELISA中得到广泛应用。该产品百萤生物有售,见货号Cat#17011。



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