云序年终巨献|5篇m6A甲基化文章教你如何纯测序数据发5分sci-文末有彩蛋

来源: 上海云序生物科技有限公司   2020-1-20   访问量:1152评论(0)

文章导读
2019年m6A修饰曾创下单月发表100+篇10分影响因子文章佳话。2020年1月17日何川教授团队最新Science揭示了m6A新功能---调控染色质状态和转录预示m6A等RNA修饰将仍然是目前最为热门的科研方向。

云序生物是国内最早提供m6A测序的科研平台,也是客户发表文章最多的RNA甲基化测序平台,其中4篇10分以上发表在Nucleic Acid Research、Molecular Cancer等杂志上。
关注云序生物10分m6A文章请参考以下回顾:
......
本期会重点解析云序客户如何应用m6A纯测序数据短平快发表5分左右SCI文章。
m6A甲基化与mRNA关联分析
云序客户案例一:非洲爪蟾睾丸组织中m6A甲基化图谱
发表期刊:Chemosphere
影响因子:5.108
发表日期:20191210
实验方法:m6A MeRIP-seq mRNA-seq
实验样本:非洲爪蟾睾丸组织
本文作者与她的研究团队利用m6A MeRIP-seqmRNA测序(云序提供此服务)技术,检测非洲爪蟾睾丸组织中的mRNA m6A修饰和基因表达水平。结果表明,非洲爪蟾体内m6A修饰主要富集在基因终止密码子和起始密码子区域,并且通过药物处理的非洲爪蟾睾丸组织中存在1380差异m6A甲基化位点,这些与m6A相关的基因主要富集在NOD类受体、甘油磷脂代谢和脂肪酸生物合成等信号通路中,可能与睾丸发育异常有关。转录组与m6A联合分析表明,基因的m6A修饰与基因的表达呈一定的正相关,揭示了m6A在两栖基因表达中具有调控作用。该研究不仅报道了两栖动物中m6A转录组图谱,还为研究m6A调控两栖动物睾丸发育提供了重要依据。


图1 非洲爪蟾睾丸组织中mRNA m6A修饰特征

云序客户案例二:骨肉瘤干细胞m6A甲基化图谱
发表期刊:Epigenomics
影响因子:4.404
发表日期:20191025
实验方法:m6A MeRIP-seqmRNA-seq
实验样本:骨肉瘤干细胞
本文作者分别利用m6A MeRIP-seqmRNA测序(云序提供此服务)技术检测骨肉瘤干细胞(OSCs,osteosarcoma stem cells)中转录组m6A修饰情况和基因表达差异情况。实验结果表明三种与m6A相关的酶METTL3、METTLE14、ALKBH5在OSCs中发生改变,而且检测到2372 m6A高甲基化和3229个m6A低甲基化位点,通过差异甲基化基因与差异表达基因的联合分析筛选出的候选基因明显与骨肉瘤患者的预后不良相关。本文研究首次探讨了化疗的OSCs的转录组m6A甲基化图谱,m6A甲基化可能是改善骨肉瘤(OS)治疗的突破口,为进一步寻找新的OS治疗靶点提供了基础性的贡献。


图2 骨肉瘤干细胞转录组与m6A甲基化联合分析

云序客户例三:m6A修饰调节透明肾细胞癌的基因表达
发表期刊:Epigenomics
影响因子:4.404
发表日期:20191220
实验方法:m6A MeRIP-seq,mRNA-seq
实验样本:肾透明细胞癌组织(ccRCC)
作者团队利用m6A MeRIP-seq(云序提供此服务)技术检测肾透明细胞癌组织(ccRCC)样本和癌旁正常组织中转录组m6A甲基化位点,显示了这两组间m6A修饰模式的高度多样性。差异甲基化分析发现ccRCC中存在569个差异m6A甲基化位点,而且ccRCC中m6A RNA异常修饰被证实可以调节基因表达和癌相关通路。作者进一步利用mRNA-seq(云序提供此服务)技术与m6A修饰联合分析显示,m6A修饰能够改变mRNA表达水平。本文研究首次提出肾透明细胞癌的m6A转录组图谱,有助于进一步研究m6A介导基因表达的调控机制和m6A修饰在ccRCC发病机制中的潜在作用。


图3 肾透明细胞癌组织转录组与m6A甲基化联合分析

m6A甲基化与LncRNA关联分析
云序客户案例四:高脂肪小鼠肝脏LncRNA m6A甲基化图谱
发表期刊:Epigenomics
影响因子:4.404
发表日期:20190710
实验方法:m6A MeRIP-seq,LncRNA-seq
实验样本:小鼠肝脏组织
作者利用m6A MeRIP-seqLncRNA-seq(云序提供此服务)技术分别对正常(CK)和高脂肪喂养的小鼠(HFD)肝脏组织进行m6A甲基化和基因表达水平的检测。实验结果表明, CK组甲基化富集度最高的是终止密码子区,而HFD组甲基化富集程度最高的是5’UTR区,差异甲基化分析发现mRNA上有554个差异甲基化m6A位点(DMMS),LncRNA上有334个DMMS,这些差异甲基化位点的相关基因主要富集在脂肪酸代谢、细胞脂代谢、脂肪酸反应和TG等脂质代谢相关信号通路中。作者进一步探讨差异m6A甲基化修饰基因的潜在结合蛋白(RBP),共发现25种RNA结合蛋白,RBP结合区motif和RBP基因GO富集分析显示差异甲基化基因的RBPs在基因表达中起着关键作用,m6A甲基化可能通过占据RBP的结合位点,影响mRNA的基因表达,从而调控脂质代谢。本研究提示m6A甲基化与肝脏脂质代谢的调控密切相关,为今后改善脂肪肝代谢的研究提供了基础。

图4 小鼠肝脏组织转录组与m6A甲基化联合分析
m6A甲基化与circRNA关联分析
云序客户案例五:HPH模型中circRNA的m6A修饰
发表期刊: BMC Genomics
影响因子:3.501
发表日期:20200113
实验方法:m6A MeRIP-seqcircRNA-seq、MeRIP-PCR整体m6A修饰水平
实验样本:大鼠肺组织
为了探究HPH中circRNA的m6A修饰,作者构建缺氧诱导的肺动脉高压(HPH)大鼠模型,利用m6A MeRIP-seq(云序提供此服务)技术鉴定大鼠肺组织中circRNA的m6A修饰。发现与正常组相比,HPH组中有166个circRNA的m6A水平明显上调,191个circRNA的m6A水平明显下调,HPH组总体circRNAs的m6A水平也是低于正常组的,并且两组中m6A-circRNAs均主要来源于编码基因的单个外显子。差异m6A甲基化与环状RNA测序(云序提供此服务)联合分析表明,HPH组中低氧条件下m6A修饰的环状RNA丰度明显降低,m6A还影响circRNA-miRNA-mRNA的共表达,而MeRIP-qPCR也证实cricXpo6和circTmtc3 的m6A修饰在HPH组中明显降低。本研究首次鉴定了HPH中circRNA m6A甲基化图谱,HPH模式中下调的m6A-circXpo6和m6A-circTmtc3,也为m6A-circRNA作为潜在的诊断标志物和治疗靶标提供了一定的科研依据。


图5 大鼠肺组织HPH模型中转录组与m6A甲基化联合分析

总结

综上所述,作者都是巧妙利用m6A MeRIP-seqRNA-seq(云序提供此服务)联合分析技术手段,探究了疾病组织或者细胞中的m6A修饰分布情况,以及m6A对转录组表达调控的影响。这种优质的策略简单快捷高效探讨m6A RNA甲基化修饰,基本3-6个月一篇甲基化表达谱的3-5分文章就成型,且多组学联合分析,文章内容丰富,是目前甲基化谱学研究的一大利器。过去的2019年云序生物陪伴各位老师在多个热点科研领域交出满意的答卷,特别是RNA甲基化修饰方向。陪伴是最长情的告白,2020年云序生物将继续助跑科研工作者在RNA修饰、eccDNA、表观遗传等研究热点提供优质服务。相信云序秘籍在手,2020高质文章您有!

需要以上文章原文的伙伴们,可以关注云序生物课堂公众号,后台留言即可。

2020新年,云序送您新年礼!
●活动条件:
所有关注云序生物课堂的科研用户
●活动时间:
2020.1.20-2020.2.5
●参与方式:

转发本次活动的微信软文至朋友圈并积攒(不得在朋友圈分组屏蔽),保留24小时。2020年2月5日18点之前截图发送至公众号(或发给当地销售)。截图后,在公众号聊天框发送单位+姓名+联系方式(微信+电话)+点赞数。

●活动奖品:

朋友圈点赞数最高的前30名赠送代金券5000元

代金券说明:
具体也可咨询当地销售,代金券有效期为2020年6月30日,使用项目包括云序所有服务项目。代金券单张金额为1000元,新签订合同金额每满5000元使用,可叠加使用,代金券可以本人使用,也可转赠他人使用。

本活动最终解释权归云序生物所有



上海云序生物科技有限公司   商家主页

地址:上海市松江区莘砖公路518号20号楼3楼
联系人:戴小姐
电话:021-64878766
传真:021-64878766
Email:market@cloud-seq.com.cn;tianlihua@cloud-seq.com.cn