LncRNA芯片/LncPath™芯片/技术服务上海康成生物工程有限公司

性能参数

产品名称: LncRNA芯片/LncPath™芯片/技术服务
英文名称: LncRNA /LncPath Microarray
产品型号: Arraystar
产品规格: 8×60K and 4×44K
产品产地: 美国
品牌商标: Arraystar
价    格: 免费咨询800-820-5058
更新时间: 2018/2/9 10:45:18
浏览人数:39977
诚信指数:957点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海康成生物工程有限公司
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产品详细描述

 LncRNA芯片/LncPath芯片技术服务

一、LncRNA芯片技术服务 

       长链非编码RNA (LncRNA) 是一类长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。近年来的研究表明:LncRNA广泛参与各种生物学过程,LncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。通过LncRNA芯片,研究人员能够快速高通量的获得与特定生物学过程或者疾病相关的LncRNA的表达变化,从而为后续的LncRNA功能研究或生物标志物筛选提供极大的便利。
       Arraystar LncRNA芯片可同时检测LncRNA和mRNA,这一突破性芯片平台的构建,使Arraystar成为LncRNA研究领域的先驱和领导者。迄今为止,采用Arraystar LncRNA芯片已发表的SCI论文已超50篇,其中多篇发表在Mol Cell,Hepatology,Blood,EMBO等国际顶尖杂志上。

康成生物是Arraystar中国区唯一代理商,独家为您提供Arraystar公司长链非编码RNA芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。同时,根据您的研究需要,康成还提供各种深入数据挖掘服务。

 Arraystar公司LncRNA芯片产品列表

芯片
规格
描述
NEW   Human LncRNA
Microarray V3.0  Service
Human LncRNA Microarray  8x60K LncRNA (~30586) + coding genes (~26109)
NEW   Mouse LncRNA
Microarray V3.0  Service
Mouse LncRNA Microarray 8×60K LncRNA (~35923) + coding genes (~24881)
Rat LncRNA
Microarray Service
Rat LncRNA Microarray 4×44K LncRNA (~9300) + coding genes (~15200)

 Arraystar LncRNA Array芯片特点

1. LncRNA芯片技术的领跑者
    Arraystar LncRNA芯片是首款被SCI论文引用的商业化LncRNA芯片平台,发表的SCI论文迄今为止已有50余篇,遥遥领先于其他竞争对手。
2. 最全面,可靠的LncRNA收集
    通过生物信息学方法建立了严谨,科学的LncRNA筛选流程,实现了对权威数据库(如RefSeq、UCSC、Ensemble、RNAdb、NRED、LncRNAdb等)和高水平文章中的LncRNA最全面、最可靠和最及时的收集。
3. 转录本特异性的探针设计
    LncRNA是以转录本的形式而非基因的形式发挥功能,Arraystar LncRNA芯片采用转录本特异性的探针设计,能够实现对LncRNA准确、特异性的检测,对LncRNA的功能分析极为关键。此外,Arraystar LncRNA芯片使用经典的一个LncRNA一根探针的策略,探针与LncRNA的对应关系非常简单。
4. 灵活,高效的标记方法

    Arrystar LncRNA芯片平台采用了一种灵活,高效的aRNA标记方法,不但可以同时标记带PolyA尾巴和不带PolyA尾巴的RNA转录本,而且对低丰度或部分降解的RNA转录本的检测灵敏度比传统方法高100倍以上。

康成生物LncRNA芯片技术服务实验流程
1. 样品总RNA抽提
    若实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),匀浆后抽提RNA。
    若实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
2. RNA质量检测
    使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
    使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
3. cDNA样品合成和标记
4. 标记效率质量检测
    使用Nanodrop检测荧光标记效率,以保证后续芯片实验结果的可靠性。
5. 芯片杂交
    在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
6. 图像采集和数据分析
    使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
7. 提供实验报告
    芯片扫描图
    实验方法中英文报告
    RNA质检报告
    芯片数据结果报告,包括差异表达LncRNA列表,差异表达基因列表

               常规lncRNA芯片研究流程

康成客户实例——Arraystar LncRNA表达谱芯片
Repression of the long noncoding RNA-LET by histone deacetylase 3 contributes to hypoxia-mediated metastasis. Molecular Cell. 2013.
使用芯片: Arraystar Human LncRNA Microarray
    研究者通过 Arraystar Human LncRNA芯片筛查到了在肝细胞癌中特异性低表达的LncRNA分子(LncRNA-LET),并在大规模临床样本中利用实时定量PCR实验发现该LncRNA分子在肝细胞癌、结肠癌和鳞状细胞肺癌中都有特异性低表达;进一步的研究表明该LncRNA的显著下调由缺氧性组蛋白脱乙酰化酶3介导,并通过调节NF90蛋白影响癌细胞转移。本研究首次在分子机制的角度阐述了缺氧、组蛋白乙酰化、LncRNA分子和癌细胞转移之间的关系,找到了新的影响癌细胞转移的治疗靶点,有着重大的生物和临床意义。

HBx-related lncRNA Dreh inhibits hepatocellular carcinoma metastasis by targeting the intermediate filament protein vimentin. Hepatology. 2012.
使用芯片:Arraystar Mouse LncRNA Microarray
    研究人员利用Arraystar Mouse LncRNA芯片在HBx转基因小鼠肝脏中筛选出差异表达的LncRNA,其中LncRNA.Dreh (AK050349)表达量在所有年龄和性别的转基因小鼠中都显著下调。对LncRNA.Dreh进行深入研究发现,LncRNA.Dreh能结合中间丝蛋白并抑制其表达,通过改变细胞骨架结构和形态,抑制癌细胞的增殖和转移。对50例临床样本(肝癌组织v.s.癌旁组织)的研究发现:该分子在癌组织中表达量比正常组织低,并且和病人的预后相关,LncRNA.Dreh表达量高的病人复发率低并且生存期长。该研究首次将乙肝病毒自身表达的HBx蛋白和肝脏组织中的LncRNA关联起来,找到了新的肝癌预后标志物,有着重大的临床意义。

Long non-coding RNA high expressed in hepatocellular carcinoma (LncRNA-HEIH) facilitates tumor growth through enhancer of zeste homolog 2. Hepatology. 2011
使用芯片: Arraystar Human LncRNA Microarray
    
研究者首先通过LncRNA芯片实验和RT-PCR验证,在5例肝癌组织与5例癌旁组织样本中找到了一个肝癌细胞高表达的LncRNA(LncRNA-HEIH),并且在大量样本(50例肝癌和正常组织,20例肝硬化组织和正常肝组织)验证了LncRNA-HEIH的特异性。通过基因共表达网络图和病人生存时间等临床数据关联分析,发现LncRNA-HEIH可以作为一个独立的判断HCC病人生存时间的预后指标。一般LncRNA-HEIH表达越高,HCC病人的预后越差。然后研究人员对LncRNA-HEIH的功能展开了深入的研究。首先利用过表达技术(gain of function )和RNAi技术(loss of fuction)发现LncRNA-HEIH能促进细胞增殖,在细胞周期调控过程中起重要作用。RNA免疫共沉淀和ChIP等实验揭示了LncRNA-HEIH可以通过结合EZH2招募PRC2,进而抑制下游靶基因的表达,实现调控细胞周期的功能。这些结果提示在肝细胞癌症发生过程中,LncRNA-HEIH可能是一个重要的调控“枢纽”。

上图:肝癌(n=5)和癌旁组织(n=5)的芯片聚类结果。Arraystar公司的lncRNA芯片同时设计了mRNA与lncRNA,图A为差异表达的254个mRNA聚类结果,图B为差异表达的174个lncRNA聚类结果。红色代表上调,绿色代表下调。

二、LncPathTM 芯片技术服务

   长链非编码RNA (LncRNA) 是一类转录本长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。近年来的研究表明:LncRNA广泛参与各种信号通路,LncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。迄今为止,研究得比较透彻的LncRNA还很少,超过99%的LncRNA的功能和调控机制尚不清楚。为了促进LncRNA的研究,Arraystar公司开发了LncPathTM 疾病/信号通路特异性LncRNA芯片。LncPathTM 芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因,帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。

康成生物是Arraystar公司中国地区唯一代理商,为您提供一站式LncPathTM 芯片技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。

 LncPathTM 疾病/信号通路特异性LncRNA芯片产品列表

 
LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片特色 
  对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
  快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
  图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息

  创新性的探针设计

  高效、稳定的标记系统

•  可靠的芯片性能

  聚焦于与疾病或信号通路相关的少量LncRNA和mRNA,使得数据分析流程更加快速,精准。

对疾病/信号通路特异性LncRNA可靠的收集
    
LncPathTM芯片通过整合权威数据库,经典文献和Arraystar LncRNA数据库等资源,对疾病/信号通路特异性的LncRNA进行了全面,可靠的收集,涵盖的LncRNA主要有:1)疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的邻近LncRNAs; 2) 疾病/信号通路特异性蛋白编码基因的长链非编码ceRNAs; 3) 已知的与特定疾病或信号通路相关的LncRNAs。

图1. LncPathTM芯片的LncRNA收集流程。

快速的建立LncRNA调控机制与其生物学功能之间的联系
    
LncPathTM芯片可以同时检测与特定疾病或信号通路相关的LncRNA以及相应的靶基因,并且对LncRNA和靶基因的关系进行了详细的注释,能够帮助客户快速的将LncRNA的调控机制与其在特定的信号通路或疾病中的生物学功能联系起来。

图2. 通过LncPathTM芯片建立LncRNA的调控机制与其生物学功能之间的联系。

图形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
    
LncPathTM芯片提供LncRNA及其靶基因信息的图形化展示,通过图形化展示客户可以迅速了解LncRNA及其靶基因的关系(图3),方便后续的机制和功能研究,这些图形化展示结果都可以通过Arraystar网站免费获得。

图3. 可能调控WNT信号通路中的关键基因CCND2的LncRNAs详细信息。

创新性的探针设计
    
LncPathTM芯片采用了创新性的探针设计:针对每个LncRNA设计转录本特异的LncRNA探针,保证对LncRNA的准确检测。针对每个蛋白编码基因设计两种探针:基因探针和转录本特异性探针。基因探针用于检测基因水平的表达情况,它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。转录本特异性探针用于检测此基因的经典转录本的表达,它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响(图4)。

图4. LncRNA探针:转录本特异性探针,可以准确的检测LncRNA;
      基因探针:用于检测蛋白编码基因在基因水平的表达情况。它的信号可以用来表征邻近LncRNA或其它LncRNA通过转录调控机制对此蛋白编码基因的影响。
      转录本特异性探针:用于检测蛋白编码基因在转录本水平的表达情况。它的信号可以用来表征长链非编码ceRNA或其它LncRNA通过转录后调控机制对此蛋白编码基因的影响。

高效、稳定的标记系统
    LncPathTM芯片采用了一种高效,灵活的标记系统(图5)。这种标记方法不但可以同时标记带PolyA尾巴和不带PolyA尾巴的转录本,还可以极大的增加低丰度RNA和降解RNA的cRNA产率,灵敏度比常规标记方法高100倍以上。


图5. 高效,灵活的标记系统。

可靠的芯片性能
高灵敏度:能准确检测跨域5个数量级的低丰度RNA (图6)

 

图6. LncPathTM芯片具有跨越超过5个数量级的检测范围。横轴代表Spike-in浓度的log值,纵轴表示Spike-in芯片信号(log2转化后)。

高重复性:Arraystar circRNA 芯片实验的技术重复组之间具有很好的相关性(R2>0.9)(图7)

图7. LncPathTM芯片技术重复间的散点图。分别用同样的样品在不同两天进行芯片标记和杂交反应,并根据芯片信号做出散点图,从图中可以看出:芯片间的相关性非常高(R2>0.9),说明LncPathTM芯片平台重复性很好,非常稳定。

LncPathTM疾病/信号通路特异性LncRNA芯片应用思路

 

 康成生物疾病/信号通路特异性LncRNA芯片技术服务流程

1. 样品总RNA抽提
   若实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),匀浆后抽提RNA。
   若实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
2. RNA质量检测
   使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
   使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
3. 加入Spike-in内参
4. cDNA样品合成和标记
5. 标记效率质量检测
   使用Nanodrop检测荧光标记效率,以保证后续芯片实验结果的可靠性。
6. 芯片杂交
   在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
7. 图像采集和数据分析
   使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
8. 提供实验报告
   芯片扫描图
   实验方法中英文报告
   RNA质检报告
芯片数据结果报告,包括差异表达LncRNA列表,差异表达基因列表,差异LncRNA与相应靶基因的详细注释

 

 

上海康成生物工程有限公司 
地址:上海市漕河泾高新技术开发区虹漕路421号63号楼2楼 
免费热线:400-886-5058 ; 800-820-5058(座机)
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网址:www.kangchen.com.cn

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