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第三代Pacbio测序平台/细菌基因组测序

第三代Pacbio测序平台/细菌基因组测序

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产品名称: 第三代Pacbio测序平台/细菌基因组测序

英文名称: Pacbio RS II

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天津生物芯片技术有限责任公司
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天津生物芯片-国内首批第三代Pacbio测序平台

  天津生物芯片于近期引进国内首批PacBio RS II测序仪系统 (第三代测序仪),利用Pacbio RS II 平台我公司已经为众多客户提供了快速、优质、低成本的全基因组测序服务。

   PacBio RS测序仪系统是太平洋生物技术公司(Pacific Biosciences)基于单分子实时(SMRT)测序技术的第三代测序平台,可以在一天内完成从样品制备到测序和读取序列的全过程。天津生物芯片利用PacBio RS测序仪系统全面解决了二代测序几大困扰:海量数据拼接难,变异检测假阳性高,稀有突变被淹没,高GC含量区域无法跨越,高度片段无法准确测定等,得到高质量,完整的数据信息,为合作伙伴提供优质的基因组组装,目标区域测序,碱基修饰检测等技术服务。

PacBio RS II 测序系统优势
   采用PacBio RS 平台,进行单分子实时测序(single molecule, real-time SMRT)主要技术优势有:

1读长较长  :最长读长可达20kb,平均读长约为4-5kb;
      
2,测序速度快,通量高:每个测序Run运行时间仅需1天,每个Run有8个Cell,每个SMRT Cell产出约200 Mb有效数据量;

3,无GC偏好:测序数据覆盖均一,测序结果无明显GC偏移;

4,单分子测序:文库构建过程中没有PCR扩增,可检测到罕见突变;

5,实时测序测序:过程中可直接获得碱基修饰信息

 

PacBio RS II 测序系统服务领域
1, 动植物复杂基因组测序
(1)杂合基因组:杂合基因组主要指杂合率高于0.5%的二倍体基因组,如大部分水产类和昆虫等;
(2)高重复基因组:主要指重复序列比例高于50%的二倍体基因组,大部分林木;
(3)超大基因组:基因组大小大于3G,甚至是10G以上的物种,如两栖类,部分林木;
(4)多倍体基因组:如四倍体、六倍体植物等。

2, 真菌基因组完成图
(1) 适用于所有真菌菌株;
(2) 尤其适合超高GC/超低GC真菌;
(3) 其它用传统方法测序比较困难真菌;
(4) 真菌基因组草图或精细图补洞。
3, 细菌基因组完成图
(1) 普通细菌快速完成图构建;
(2) 尤其适合超高GC/超低GC细菌;
(3) 其它用传统方法测序比较困难细菌菌株
通过采用第三代测序技术,直接进行细菌基因组的完成图绘制。

4, BAC克隆完成图
通过PacBio RS平台进行单分子实时测序,可以快速得到超长读长。再加大测序深度,PacBio序列可以产生非常均一覆盖度,在大部分目标区域内,可以接近100%的覆盖度。

5, 从头组装(DE Novo Assembly
PacBio RS平台是目前唯一能完成完整基因组组装,结构测定和基因分型的微生物测序平台。该平台可以用PacBio数据独立完成微生物基因组的完整拼接,也可以将PacBio长读长数据和二代测序短读长数据进行混合拼接完成基因组。

 6,甲基化检定

    SMRT技术采用的是对DNA聚合酶的工作状态进行实时监测的方法。DNA聚合酶催化荧光标记的核苷酸掺入到互补的核酸链中。核苷酸的掺入被检测成荧光脉冲,依据其颜色鉴定出核苷酸。当聚合酶切断连接在核苷酸末端的荧光基团时,脉冲终止。荧光脉冲的到达时间和持续时间产生了关于聚合酶动力学的信息,从而允许直接检测DNA模板链中的修饰核苷酸,包括N6-甲基腺嘌呤、5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。