简化基因组甲基化测序 Methyl-RAD上海欧易生物医学科技有限公司

技术服务信息

服务名称:简化基因组甲基化测序 Methyl-RAD
服务类别:分子生物学服务 - 第二代高通量测序
价格:询价
允许参观:允许参观
所在区域:上海.上海
更新时间:2016-9-26 10:33:00
浏览人数:80
诚信指数:282点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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技术服务详细描述

简化基因组甲基化测序  Methyl-RAD

 Methyl RAD技术使用了甲基化修饰依赖性内切酶,如FspEI、MspJI、LpnPI、AspBHI等,此类内切酶会识别DNA上发生甲基化的胞嘧***,在识别位置的下游隔一定距离切割双链。若DNA双链具有中心对称甲基化状态,则可以切割产生一个固定长度的双链DNA片段。对酶切产生的标签建库测序,即可进行甲基化位点的定性和相对定量分析。

 
欧易特色
 
● 文库构建简便快速,不经过片段大小选择,保证了实验的重复性
● 具有极强的灵活性,标签密度可控
● 标签长度一致,PCR扩增效率一致,测序深度均一
● 具有单碱基分辨率,可以做到甲基化位点的定性和相对定量分析
● 甲基化位点检测的假阳性率能够控制在0.50%以内(WGBS假阳性率在0.28%-0.50%)
● 提供标准和高级生物信息分析,可根据客户需求提供个性化数据分析
● 所需的样本DNA起始量极低
● 有参无参物种均可,既可用于未知甲基化位点的开发,也可用于不同样本间的甲基化位点的差异研究
 
项目流程
 
获取基因组DNA---酶 切---测序---文库构建---上机测序---原始测序数据---数据质控---数据分析
 
推荐测序模式
 
● Hiseq X-Ten,PE150 ● 30 M reads/1 G基因组大小
 
样品要求
 
● DNA:浓度≥37.5 ng/μl、总量≥2.0 μg、OD260/280为1.8-2.0
● 请提供每个样品具体的浓度、体积、提取时间,同时附上电泳检测胶图、分光光度计或者Nanodrop仪器检测数据等
● 样品需经过纯化,尽量减少多糖、蛋白质、RNA等残留,同时应避免样品间的污染
 
数据分析内容
 
标准数据分析
● 数据质控 ·去接头污染 ·过滤低质量reads ● reads产出情况统计 ● reads与参考基因组比对
 
高级数据分析
● 测序数据的全基因组分布趋势
· reads在全基因组每条染色体上的分布(该项分析只针对染色体信息齐全的物种) · reads在CG、CHG位点上的覆盖深度
· reads在不同基因功能元件上的分布(需基因组注释信息)
· reads在基因元件及其上下游2,000 bp的平均覆盖深度分布趋势(需基因组注释信息)
● 甲基化位点信息分析
· 统计CG和CHG的甲基化位点及数目 · 甲基化位点水平的相对定量
· 统计甲基化位点在不同基因功能元件上的分布(需基因组注释信息)
● 全基因组甲基化差异分析
· 差异甲基化位点的筛选统计 · 差异甲基化位点在不同基因功能元件上的分布(需基因组注释信息)
· 分析两组样品间的甲基化水平差异位点的相关基因(需基因组注释信息)
· 对两个样品间的差异基因进行功能注释(需基因组注释信息)
 

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