small RNA测序/miRNA测序上海欧易生物医学科技有限公司

技术服务信息

服务名称:small RNA测序/miRNA测序
服务类别:分子生物学服务 - 第二代高通量测序
价格:询价
允许参观:允许参观
所在区域:上海.上海
更新时间:2016-9-26 10:33:00
浏览人数:72
诚信指数:282点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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技术服务详细描述

 Small RNA测序

Small RNA(包括miRNAs、siRNAs和piRNAs等)是生命活动中重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢紊乱发挥着重要的作用。基于Illumina高通量测序平台的small RNA测序技术不受物种限制,具有高灵敏度和高精确性,既能鉴定特定条件下表达的miRNA,也能发现新的miRNA。同时还可用生物信息学分析筛选在特定条件下差异表达的miRNA。

欧易特色

● 高度灵活性:可研究任一17~35 nt之间小RNA分子

● 高度精确性:可精确到单核苷酸水平,非常有利于区分高度同源的小RNA分子和鉴定小RNA的多态性

● 检测动力学范围广:可在超过6个数量级范围内实现准确的序列检测和定量分析,有利于低丰度小RNA差异表达的研究

● 数据质量高:深度测序保证了抽样随机性,可靠性和重复性高,与实时定量PCR结果具有较高的一致性

项目流程

获取total RNA---测序文库构建---上机测序---原始测序数据---数据质控---数据分析

数据分析内容

标准数据分析

● small RNA测序数据预处理

·数据处理统计 ·Reads长度分布统计

·Reads拷贝数统计

● 序列比对注释高质量Ref tag构建

·参考基因组比对 ·miRBase数据库比对注释

·Rfam数据库比对 ·Gene比对 ·Repbase比对

·Reads分类注释汇总

● 已知miRNA鉴定

● 新miRNA预测

·新miRNA预测 ·新miRNA二级结构预测

● miRNA差异分析(已知/新预测)

·miRNA表达量统计 ·miRNA差异筛选

● 差异miRNA靶基因预测(已知/新预测)

·差异miRNA靶基因预测

·差异miRNA靶基因GO富集分析

·差异miRNA靶基因KEGG富集分析

高级数据分析

● 已知miRNA分析

·miRNA簇分析 ·碱基编辑分析 ·miRNA家族分析

● miRNA-mRNA负调控关联分析、负调控网络图绘制

样品要求

● Total RNA:≥2 μg ● OD260/280为1.8-2.2

● 适用范围:真核生物(有、无参考基因组皆可)

了解更多转录组研究,请登录www.oebiotech.com

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