nrStar™ Functional LncRNA PCR芯片技术服务上海康成生物工程有限公司

银牌供应商 

技术服务信息

服务名称:nrStar™ Functional LncRNA PCR芯片技术服务
服务类别:生物芯片服务 - 生物芯片制备服务
价格:询价
允许参观:允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2016-10-14 11:06:00
浏览人数:88
诚信指数:860点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海康成生物工程有限公司
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传真:
021-64452021
联系人:
市场部
所在区域:
上海·上海
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技术服务详细描述

      Arraystar公司最新推出的nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array,可同时检测372个功能已知或疾病相关的金标准lncRNA。这些lncRNA精心挑选于科学文献和最新数据库。与大部分功能未知、序列残缺的lncRNA相比,产品中的lncRNA特征明确、信息完善。Arraystar为这些lncRNA提供了详细的注释信息,包括生物学功能(干细胞分化、胚胎发育、心血管发育、造血系统与免疫、内分泌系统……)和作用机制(基因表达调控、表观遗传、基因组印记、染色体修饰……)等。lncRNA表达失调还与和神经退行性疾病、心血管疾病、糖尿病和癌症等病理特征紧密相关。另外,LncRNA在表达分布和组织/疾病特异性上高于mRNA,已有不少已知或未知功能的lncRNA被认为具有分子标志物潜能。比如,PCA3已通过FDA认证,应用于前列腺癌的临床诊断。

      Arraystar功能性lncRNA PCR芯片不仅含有最佳的内容,而且具有最优的技术表现。通过靶向特定的外显子或可变剪接位点,每对lncRNA引物可以检测到特定的转录本,从而区分同一lncRNA基因的不同转录本亚型。“机智”的cDNA合成策略保证了从完整或降解的RNA样本检测多聚腺苷酸尾和非多聚腺苷酸尾lncRNA的有效性。严格的外参、内参设置以及可信度高的均一化策略,保证了高质量的qPCR结果及其精确定量,可充分满足临床诊断应用或分子标志物鉴定所需。

nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR芯片服务列表

服务 

芯片

规格

描述

NEW   nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array Service

NEW nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array

384-well plate

同时检测372个功能已知或疾病相关的金标准lncRNA

芯片特点
●    覆盖最新最全的已知功能lncRNA:从最新数据库和科研文献中收集了372个与生物学过程和疾病明确相关的LncRNA转录本。PCR芯片包含目前市场上最新最全的已知功能LncRNA。

强效检测:无论样本是否降解,lncRNA是否有Poly(A)尾,都可被Arraystar“机智”的流程所检测,得到高质量的数据结果。

最可靠和最精准的lncRNA定量检测:通过使用一系列严格的外参和内参,芯片中的每个LncRNA转录本都能被准确和可靠的定量检测。与常规使用一个内参基因不同,Arraystar公司产品使用生物信息学方法从多个候选内参基因中挑选出最适的内参基因进行数据均一化。

转录本特异性检测:通过靶向特异性的外显子或可变剪接位点,芯片中的PCR引物准确有效的检测每个LncRNA转录本。

稳定有效的PCR引物: 所有LncRNA引物均经过精心优化,并在多种细胞和组织中通过验证。

简单便捷: 384孔板,即拆即用。只需将反转好的cDNA与qPCR Master Mix混合,加入到384孔板,即可进行qPCR反应。所有流程可在4小时内完成。

康成Functional LncRNA PCR芯片服务实验流程
1.RNA抽提与质量检测
进行RNA常规抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。

2.cDNA合成
每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒进合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。

3.Real-time PCR扩增
将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。

4.熔解曲线分析与原始数据导出
PCR扩增完成后,进行熔解曲线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹,包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

康成Functional LncRNA PCR芯片服务数据分析流程
1.PCR芯片数据质控
质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。

2.数据校正与△Ct值计算
板间校正:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算:挑选最优内参,使用内参均值计算△Ct值。

3.差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。

4.P值计算
对样本组进行t检验,计算P值。

5.其他常规数据分析
散点图分析;火山图分析;TOP20表达上调和下调LncRNA柱形图分析

6.提供服务报告与数据分析结果
a.Arraystar服务报告(包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤)
b.Excel芯片结果汇总表(包括tRNA列表,数据分析结果和各类图表)
c.Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

康成Functional LncRNA PCR芯片服务部分数据分析结果展示

1.差异表达LncRNA列表
(默认筛选参数:差异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)

2.散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1,红色斜线代表差异倍数为2)

3.火山图(黑色垂线代表差异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)

4.TOP20表达上调LncRNA柱状图

5.TOP20表达下调LncRNA柱状图

 

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