16S/18S/ITS微生物扩增子测序天津迈基生物科技有限公司

技术服务信息

服务名称:16S/18S/ITS微生物扩增子测序
服务类别:细胞生物学服务 - 细胞培养服务
价格:1元
允许参观:允许参与实验
所在区域:天津.天津
更新时间:2017-11-15 10:44:00
浏览人数:49
诚信指数:7点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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天津迈基生物科技有限公司
地址:
天津国际生物医药联合研究院C座
邮编:
电话:
022-60287398
传真:
010-64197077
联系人:
黄经理
所在区域:
天津·天津
邮件:
公司展台:

技术服务详细描述

16S/18S/ITS微生物扩增子测序

产品简介

微生物群落多样性分析是指利用二代高通量测序技术,对微生物的16S rDNA、18S rDNA以及ITS高变区域,或者功能基因进行测序,分析环境中细菌、古细菌以及真菌的种类组成和含量,揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系,进一步探讨微生物多样性;对于研究微生物与人类医疗健康、食品安全、环境检测与治理、微生物资源的利用等有着重要的理论和现实意义。



产品分类

16S rDNA测序:16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,存在于所有细菌染色体基因中,共包括9个可变区和10个保守区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。采用HiSeq或最新的MiSeq测序仪,对16S rDNA某个高变区进行测序,进一步分析环境微生物中细菌或古细菌的多样性。

18S rDNA测序:18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。在结构上分为保守区和高变区,保守区反映生物物种间的亲缘关系,高变区反映物种间的差异。

ITS测序:ITS分为两个区域:ITS1/ITS2,其中ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。ITS序列由于自然选择压力小,因此在进化过程中能够承受更多的变异,通过对ITS1或者ITS2进行测序,可分析环境微生物中真菌的多样性。


技术流程

技术参数

测序平台:HiSeq2500;MiSeq

测序策略:PE250

测序周期:25-40工作日

测序数据:不低于合同规定数据量


标准数据分析

● 原始测序数据预处理   

● 稀释曲线(Rarefaction Cur ve)   

● OTU划分&OTU注释&物种分类注释   

● 物种系统发育树

● 多样性指数分析  

● 物种组成统计热图   

● 群落结构:OTU分类   

● 物种丰富程度&均匀程度(Rank Abundance曲线)

● 主成分分析(Principal component analysis, PCA)

深度数据分析

 多样品OTU分布网状图(Network)   

● 单因素方差分析   

● 多样品O TU分布比较(Venn图)

● 多样品(微生物群落)分层聚类UPGMA    

● 样本聚类UP GMA可靠性Support分析

● 主坐标分析PCoA(2D/3D)图   

● 基于Unifrac 距离的箱型图(Box-Plot)分析

● 含分类单元主坐标分析PCoA图(3D Bi-Plot)  

● 差异对比NMD S分析

● 冗余分析RDA(线性模型)/典型对应分析CCA(单峰模型)   

● 含多样品分类饼图

● LEfSe分析(组间比较分析)   

● Adonis组间比较分析(基于Unifrac距离矩阵)


引物信息



样本要求

粪便:采集新鲜粪便样品于无菌容器中,每份样品5g左右即可,液氮速冻3-5min,-80°C长期保存,干冰运输。

土壤:采集土壤样本5g左右至无菌容器中,液氮速冻3-5min,然后转移至-80°C 或液氮中长期保存,干冰运输。

污泥:采集污泥样本于无菌容器中,每份样品5g左右即可,液氮速冻3-5min, -80°C长期保存,干冰运输。

水体:1、对于水质较为清澈的水样,用0.22μm 的微孔滤膜真空过滤水样(1 L左右),富集于无菌管中,液氮速冻3-5min,干冰运输。2、对于水质较为混浊的水样,三点水样混合摇匀后取60-80mL,液氮速冻3-5 min,-80℃保存,干冰运输。

皮肤:采用无菌棉签轻轻刮取皮肤表面,取样后将棉签置于无菌的离心管,液氮速冻3-5min,-80℃长期保存,干冰运输。


咨询与订购

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客服电话:022-60287398 

网站:http://www.mogenetics.com/

邮箱:market@mogenetics.com

QQ:184194701

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