超级增强子lncRNA芯片服务上海康成生物工程有限公司

银牌供应商 

技术服务信息

服务名称:超级增强子lncRNA芯片服务
服务类别:生物芯片服务 - 生物芯片处理和分析服务
价格:请询价400-886-5058;800-820-5058
允许参观:不允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2018/9/21 12:01:00
浏览人数:570
诚信指数:970点
了解更多:进入公司展台
使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
点此求购 我要咨询
生物在线声明:以上所展示的信息由企业自行提供,内容的真实性、准确性和合法性由发布企业负责。生物在线对此不承担任何保证责任。

供应商联系卡

上海康成生物工程有限公司
地址:
上海市宜山路700号C2栋3楼 (200233)
邮编:
200233
电话:
800-820-5058/ 400-886-5058(免费热线);021-64451989
传真:
021-64452021
联系人:
market@kangchen.com.cn
所在区域:
上海·上海
邮件:
公司展台:
扫一扫,关注我们

技术服务详细描述

 超级增强子lncRNA芯片服务

简介

    超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)是一类由超级增强子区域转录而来的lncRNA。该lncRNA与超级增强子一起,调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。SE-lncRNA与多种疾病有关,许多病理性表型都伴随着SE-lncRNA表达水平的显著变化[1-3]。SE-lncRNA表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。Arraystar公司开发了市场上首款SE-lncRNA芯片,可同时对SE-lncRNA以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠两个版本。 

康成生物是Arraystar中国区唯一代理商,独家为您提供Arraystar公司超级增强子lncRNA芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。同时,根据您的研究需要,康成还提供各种深入数据挖掘服务。


服务

芯片

货号

规格

描述

Human SE-lncRNA 芯片服务

Arraystar Human SE-lncRNA Microarray

AS-S-SE-H

8 * 15K

SE-lncRNAs (7753)+ mRNAs (7040)

Mouse SE-lncRNA芯片服务

Arraystar Mouse SE-lncRNA Microarray

AS-S-SE-M

8 * 15K

SE-lncRNAs (8222) + mRNAs (6385)

 

参考文献

1. Bradner JE, Hnisz D, Young RA: Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 2017, 168(4):629-643.[PMID: 28187285]

2. Alvarez-Dominguez JR, Knoll M, Gromatzky AA, Lodish HF: The Super-Enhancer-Derived alncRNA-EC7/Bloodlinc Potentiates Red Blood Cell Development in trans. Cell Rep 2017, 19(12):2503-2514.[PMID: 28636939]

3. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]

4. Vucicevic D et al: Long ncRNA expression associates with tissue-specific enhancers. Cell Cycle 2015, 14(2):253-260.[PMID: 25607649]

5. Hon CC et al: An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends. Nature 2017, 543(7644):199-204.[PMID: 28241135]

6. Soibam B: Super-lncRNAs: identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA 2017, 23(11):1729-1742.[PMID: 28839111]

 

芯片特点

强大而可靠的SE-lncRNA收集与鉴定方法

  • lncRNA信息来自Arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncRNA数据库

收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等权威数据库中的lncRNA

收集了注释完善、经过实验验证和有Pubmed索引的“金标准”lncRNA

手动收集了权威期刊上新出现的lncRNA

  • 超级增强子区域信息来自dbSUPER数据库
  • Mapping到超级增强子区域的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA

图1. Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图。

一块芯片同时检测SE-lncRNA及其靶基因的表达水平,可直观、精确的找到二者之间的调控关系

针对特定的外显子或剪接区域设计探针,特异性的区分SE-lncRNA的不同isoform(图2);灵敏度高,可检测到细胞中的单拷贝转录本


图 2. 探针#2可特异性的检测isoform CCAT1-L。

提供超级增强子、超级增强子lncRNA与其靶基因的详尽注释信息


图 3. SE-lncRNA注释信息示例。


高效的标记方法保证了SE-lncRNA定量检测的高灵敏度和高精确性

       超级增强子一般具有稳定性差、半衰期短的特点。它们能以极低的拷贝数发挥顺式作用,激活靶基因的表达。比如,SE-lncRNA HOTTIP可激活HOXA基因簇,其在细胞中的平均拷贝数少于1。

       为了精确地检测这些瞬时、低水平的SE-lncRNA,Arraystar科学家开发了一套高效的线性扩增方法,能够为多聚腺苷化或非多聚腺苷化的转录本产生足量的荧光标记cRNA。在此过程中,将分别携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物以最优的比例混合,与RNA一起退火,合成cDNA第一链,随后与5’接头一起退火,合成双链cDNA,然后进行PCR扩增。最后,由T7 RNA聚合酶进行体外转录,合成带有Cy3或Cy5标记的cRNA(图6)。

 

       该标记方法极大的增加了低丰度或降解RNA分子的cRNA产物,比传统方法提高了100多倍。


 

图6. Arraystar公司 cRNA标记流程。(1) cDNA第一链合成与5’接头退火。 以携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物混合物为反转引物,合成cDNA第一链,并与5’接头退火,合成cDNA第二链。(2) PCR扩增。使用RT引物和5’接头对双链cDNA进行低循环数的PCR扩增。(3) 体外转录和标记反义RNA (aRNA)。以Cy3或Cy5标记的核苷酸为底物,双链cDNA为模板,使用T7 RNA聚合酶进行体外转录,合成带有荧光标记的反义RNA。线性扩增保留了原始转录本的相对水平和完整序列,且无3’偏好性。


数据库

人SE-lncRNA芯片参数

探针总数

14873

探针长度

60 nt

探针挑选策略

挑选针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点的探针

探针特异性

转录本特异性

标记方法

使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的cRNA,灵敏检测低拷贝转录本

SE-lncRNAs & Super-lncRNAs检测数目

7753

SE-lncRNAs靶基因检测数目

7040

SE-lncRNAs来源

从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA,然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。

从文献[4, 5]收集增强子lncRNA,若该增强子位于超级增强子区,则被认为是SE-lncRNA。

Super-lncRNAs 来源

Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA,可招募调控因子至超级增强子区,从而影响染色体结构,并作为空间放大器,促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。主要收集于文献[6]。

SE-lncRNA靶基因来源

与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。这些基因还包含了来自TF checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自Bushman Lab数据库中的1448个癌症相关基因。

芯片规格

8 * 15K

 

图4. Arraystar公司人SE-lncRNA芯片内容。

 

小鼠SE-lncRNA芯片参数

探针总数

14637

探针长度

60 nt

探针挑选策略

挑选针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点的探针

探针特异性

转录本特异性

标记方法

使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的cRNA,灵敏检测低拷贝转录本

SE-lncRNAs检测数目

8222

SE-lncRNAs靶基因检测数目

6385

SE-lncRNAs来源

从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA,然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。

SE-lncRNA靶基因来源

与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。这些基因还包含了来自TF checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自SBCDDB数据库中的593个癌症相关基因。

芯片规格

8 * 15K

 

 

图5. Arraystar公司小鼠 SE-lncRNA 芯片内容。

 

实验流程

1.样品总RNA抽提

      若实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),匀浆后抽提RNA。
      若实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
2. RNA质量检测
       使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
       使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
3. cDNA样品合成和cRNA标记
4.标记效率质量检测
       使用Nanodrop检测荧光标记效率,以保证后续芯片实验结果的可靠性。
5.芯片杂交
       在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
6.图像采集和数据分析
       使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
7.提供实验报告
       芯片扫描图
       实验方法中英文报告
       RNA质检报告
       芯片数据结果报告,包括差异表达SE-LncRNA列表,差异表达基因列表

 

 

 

上海康成生物工程有限公司 

地址:上海市徐汇区宜山路700C23
免费热线:400-886-5058 ; 800-820-5058(座机)
电话:021-64451989         传真:021-64452021
网址:www.aksomics.com

生物在线声明:以上所展示的信息由企业自行提供,内容的真实性、准确性和合法性由发布企业负责。生物在线对此不承担任何保证责任。

查看超级增强子lncRNA芯片服务 产品的用户还对以下产品感兴趣

  Affymetrix基因表达谱芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]
  SABiosciences第二代功能分类基因芯片技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  比较基因组杂交芯片(aCGH)技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  21.0版microRNA芯片服务   [供应商:联川生物技术公司]
  microRNA(miRNA)芯片技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  Affymetrix SNP 芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]
  ABI miRNA检测   [供应商:北京博奥晶典生物技术有限公司]
  DNA甲基化芯片(Medip-chip)技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  MicroRNA 芯片技术服务   [供应商:上海欧易生物医学科技有限公司]
  SBC DNA甲基化芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]

ADVERTISEMENT

找不到您所需的产品,发布求购试试?

标题:*
描述:
姓名:*
Email:*
单位:*
电话:*
地址:*
邮编:
资料: 需要 不需要
报价: 需要 不需要