外泌体环状RNA测序上海云序生物科技有限公司

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技术服务信息

服务名称:外泌体环状RNA测序
服务类别:分子生物学服务 - DNA测序服务
价格:咨询:021-64878766
允许参观:协商决定
所在区域:上海.上海
更新时间:2018/12/14 10:42:00
浏览人数:19
诚信指数:375点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海云序生物科技有限公司
地址:
上海市松江区莘砖公路518号20号楼3楼
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021-64878766
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021-64878766
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戴小姐
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技术服务详细描述

技术简介

外泌体(Exosomes)是一种直径在40-100 nm的圆形单层膜结构,是细胞外泌囊泡中体积较小的一种。外泌体可被大多数细胞分泌,并广泛分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA和环状RNA(circular RNA,circRNA)。环状RNA(circular RNA)是近来新发现的一种非编码RNA分子,研究趋势火爆。环状RNA表达具有组织和疾病特异性,与组织发育、疾病发生发展密切相关。此外环状RNA不易降解,可做为新型疾病分子标志物。外泌体环状RNA的研究势必会为疾病诊断与治疗带来极大帮助。

云序生物环状RNA测序服务,采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit,能够高效去除样本中的线性mRNA和rRNA,能够帮助客户以合理的成本检测到更多的环状RNA。此外,Cloudseq CircRNA Enrichment Kit 覆盖了几乎所有已知物种,对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠和大鼠等常见物种。 

云序优势 

适用于任何物种: 

可以检测几乎任何动植物的环状RNA。 

适用于降解样品: 

可以检测部分降解的样品的环状RNA。 

有效数据量高:

通过商业化kit富集环状RNA,极大地提高了有效数据比例。

性价比高: 

能够以较低的成本检测更多的环状RNA。 

一站式服务: 

客户只需提供血清、血浆、细胞上清、体液或外泌体,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。 

专业化的生物信息学分析: 

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。 

样本要求

样品类型:

血清、血浆、细胞上清、体液或外泌体总RNA样品。其它类型样品请详询。 

样品量: 

a)血清:5 mL

b)血浆:5 mL

c)细胞上清:20 mL

d)体液:

唾液:15 mL

鼻涕:15 mL

尿液:100 mL

脑脊液:10 mL

e)外泌体总RNA 4 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )
样品运输及保存:
样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
数据分析
1、环状RNA的识别与注释
通过环状RNA高通量测序,采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定环状RNA,并根据他们在基因组上位置和数据库中来源进行注释。云序生物整合了来自文献、数据库的多个物种的circRNAs,构成目前世界上最全的circRNA数据库circDB,对环状RNA的来源进行了注释,并展示了环状RNA与疾病的关系,以节省耗时的文献查找和阅读。


2、差异环状RNA的筛选
按照预设的筛选标准(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)筛选出差异表达的环状RNA。
注:Fold Change代表差异倍数,P值代表差异显著性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

3、差异环状RNA的聚类



4、差异circRNA的来源基因的GO和信号通路分析
对差异circRNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析,以便推断circRNA的功能。




5、circRNA-miRNA相互作用网络
通过circRNA-miRNA相互作用网络分析,可以帮助解析作为miRNA海绵发挥作用的环状RNA的功能以及作用机制。


6、环状RNA的可视化
图形化展示了环状RNA在基因组中的分布,以及与之相应的线性RNA的位置关系。



案例解析
案例1:外泌体全转录组测序(云序客户文章)

原文:Circular RNA expression alteration in exosomes from the brain extracellular space after traumatic brain injury in mice

期刊:Journal of Neurotrauma 影响因子:5.19

近期,天津医科大学总医院张建宁教授带领的神经创伤团队针对大脑创伤的研究。应用全转录组测序技术,仅通过大脑创伤外泌体中环状RNA表达谱研究发表了世界首个小鼠脑创伤模型外泌体环状RNA研究成果。作者首先分离了小鼠脑组织,提取脑周质外泌体,通过外泌体全转录组测序检测TBI脑周组织外泌体中环状RNA的表达变化。结果发现231个差异表达的环状RNA,其中155个上调,76个下调。接下来通过生信分析如GO及KEGG分析对外泌体差异表达的环状RNA进行了功能预测。GO分析表明这些RNA分子主要参与神经损伤修复,神经系统发育及神经信号传导相关,这些分子同时主要富集在cGMP-PKG信号通路。环状RNA-miRNA互作网络图揭示了环状RNA作用靶miRNA及可能的功能。本文首次研究了大脑创伤外泌体中环状RNA变化,为后续分子机理详细研究提供诸多靶分子,也为大脑创伤的干预治疗提供潜在的靶点。


图1. 创伤小鼠外泌体电镜及WB鉴定

图2. 外泌体环状RNA表达谱



图3. 外泌体差异表达环状RNA GO和KEGG分析


图4. 外泌体差异表达环状RNA-miRNA网络图


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