chip染色质免疫共沉淀能真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的一种很好的方法。采用结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性，是深入分析癌症、心血管疾病以及中央神经系统紊乱等疾病的主要代谢通路的一种非常有效的工具。

chip染色质免疫共沉淀：真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。与传统的EMSA技术相比，染色质免疫沉淀技术（CHIP）能真实完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白，是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用的最佳方法。
基本原理是在活细胞状态下以甲醛固定蛋白质－DNA复合物，超声将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后加入目的蛋白抗体，通过抗体沉淀靶蛋白-DNA复合物，通过洗脱的方法得到富集的靶蛋白-DNA复合物，特异性地富集目的蛋白结合的DNA的片段，通过对目的片断的纯化与检测（PCR分析），从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
该技术主要应用于：1.组蛋白修饰研究 2.转录调控分析 3.药物开发研究 4.有丝分裂研究 5.DNA损伤与凋亡分析。
chip染色质免疫共沉淀基本步骤：
1）甲醛处理细胞
2）收集细胞，超声破碎
3）加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合
4）加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，沉淀
5)对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合
6)洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物
7)解交联，纯化富集的DNA的片断
8)PCR或基因芯片分析。

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