O8G RNA氧化修饰测序上海云序生物科技有限公司

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技术服务信息

服务名称:O8G RNA氧化修饰测序
服务类别:分子生物学服务 - DNA测序服务
价格:咨询:021-64878766
允许参观:协商决定
所在区域:上海.上海
更新时间:2021/3/15 11:33:00
浏览人数:200
诚信指数:527点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海云序生物科技有限公司
地址:
上海市松江区莘砖公路518号18号楼2楼
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电话:
021-64878766
传真:
021-64878766
联系人:
戴小姐
所在区域:
上海·上海
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技术服务详细描述

背景介绍
O8G RNA氧化修饰是在哺乳动物细胞内活性氧攻击mRNA中的鸟嘌呤从而产生的一种RNA修饰,它可以与腺嘌呤配对并诱导鸟嘌呤-胸腺嘧***(G> T)突变,是病理生理学中一种通过活性氧氧化导致疾病表型的修饰。目前,O8G RNA氧化修饰作为一类新型RNA修饰,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点和“超级潜力股”!
云序生物对O8G RNA氧化化检测手段为O8G-IP-Seq技术,技术原理如下: 将O8G特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育,抓取有O8G修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA片段,并不添加O8G特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的O8G片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将O8G氧化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中O8G氧化程度及对RNA表达水平的影响。

O8G

技术原理

为了系统性揭示RNA O8G氧化修饰,云序生物提供了成熟的 RNA O8G氧化MeRIP-Seq技术服务。技术原理如下:将RNA O8G氧化特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育,抓取有O8G氧化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本为未进行IP反应的RNA片段。对照样本用于消除非特异性抓取O8G氧化片段的背景。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段,将O8G氧化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中O8G氧化程度。
配合专业的生物信息学分析,云序生物可进一步提供高精度的O8G氧化图谱,帮助客户揭示O8G氧化在生物学功能和潜在的作用机制。

云序特色
√ 最全产品线:可针对性地检测不同类型RNA分子的O8G氧化;
√ 特异性高:特异性富集和检测O8G氧化的 RNA片段;
√ 全转录组覆盖:全转录组范围的RNA O8G氧化检测; 
√ 全物种检测:可以检测几乎任何动植物的O8G氧化;
√ 专业化的生信分析:强大的生信团队,专业的O8G氧化数据分析;


产品分类

O8G 全转录组测序:同时检测O8G氧化的环状RNA,LncRNA和mRNA;
O8G 环状RNA测序:检测O8G氧化的所有环状RNA;
O8G LnRNA测序:同时检测O8G氧化的LncRNA和mRNA;
O8G mRNA测序:检测O8G氧化的所有mRNA;


数据分析

云序生物产品名称

提供的数据

O8G RNA化测序

RNA QC报告

测序的原始数据(fastq格式)

测序结果的质控

匹配到基因组的结果

识别的化位点

化位点的长度分布及motif分析结果

差异化位点

差异化位点的GOPathway分析结果

标准化完整报告




O8G RNA氧化数据分析
1.识别O8G RNA氧化富集区域(*)
通过严谨的生物信息学流程识别O8G RNA氧化富集区域,红色为Input,蓝色为IP样本,对比分析O8G RNA氧化富集区域。
1.识别O8G RNA氧化富集区域(*)
2.O8G RNA氧化区域注释(*)
根据测序数据,可进行O8G RNA氧化富集区域的各种常规分析。
2.O8G RNA氧化区域注释(*)
3.O8G RNA氧化的GO分析和KEGG 信号通路分析
对O8G RNA氧化显著性差异的mRNA进行GO分析。
3.O8G RNA氧化的GO分析和KEGG 信号通路分析




O8G RNA氧化测序应用案例
一、O8G RNA氧化修饰与蛋白翻译密切相关
1. Nature | miR-1的位置特异性氧化导致心脏肥大
发表时间:2020年8月5日
影响因子:42.778
Nature上发表的来自韩国高丽大学Sung Wook团队的一篇研究在氧化还原相关疾病心肌肥大的大鼠模型中对氧化的miRNA进行了特异性测序研究。文章题目为:“Position-specific oxidation of miR-1 encodes cardiac hypertrophy”。
作者在氧化还原相关疾病心肌肥大的大鼠模型中对氧化的microRNA(miRNA)进行了特异性测序。结果发现8-氧代鸟嘌呤2(o8G)修饰是选择性地在miRNA的特殊区域(位置2-8)产生的,并通过o8G-A碱基互补配对来调节其他mRNA。用***能激动剂治疗后主要在miR-1(7o8G-miR-1)的第7位诱导了o8G氧化修饰。单独引入的7o8G-miR-1或7U-miR-1(其中7位的G被U取代)足以引起小鼠心脏肥大,o8G-miR-1的mRNA靶基因在受影响的表型中起作用,反之对小鼠心肌细胞7o8G-miR-1的特异性抑制可减轻心脏肥大。o8G-miR-1也与心肌病患者有关。本研究表明miRNA的位置特异性氧化可以作为表观转录机制来协调病理生理学氧化还原介导的基因表达,为研究氧化修饰在病理生理学中的作用提供了新的思路。

图注:miR-1位置特异性氧化的示意图模型
图注:miR-1位置特异性氧化的示意图模型


2.PNAS| 8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质翻译
发表时间:2018年4月17号
影响因子:9.412
PNAS杂志发表了来自国家老年医学中心、北京医院研究的一篇有关O8G氧化修饰改变哺乳动物细胞中蛋白合成的研究成果。文章题目为“Transcriptional mutagenesis mediated by 8-oxoG induces translational errors in mammalian cells”。
哺乳动物细胞内形成的活性氧可以在mRNA中产生8-oxoG修饰,这一氧化修饰在基因表达过程中会导致碱基错配。本研究首先构建了一种基于超敏荧光素酶Gluc(Gussia luciferase)的报告基因检测系统,通过第二代测序技术发现当RNA中8-oxoG含量增加使U-to-G位点增加,从而诱导表达淀粉样前体蛋白的淀粉样β肽(老年痴呆的重要标志物)。该研究结果表明,8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质合成。本论文的发表为深入氧化修饰与蛋白合成间的分子机理提供了全新的研究思路!

图注:8-oxoG掺入引起的异常蛋白质合成示意图
图注:8-oxoG掺入引起的异常蛋白质合成示意图



样本要求
1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA 样品。
2)样品量:
细胞:1×108
组织:> 1g
RNA:≥ 100μg,浓度不低于100 ng/μL
3)RNA 质量要求:
OD260/280:1.8~2.1
浓度≥ 100 ng/μl
RNA 无明显降解(28S:18S ≥ 1.5 或者RIN ≥ 7)
4)样品保存:
新鲜组织可用RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。
细胞样品,离心收集细胞沉淀后用PBS洗2遍,直接-80℃保存;RNA 样品可溶于乙醇或RNA-free 的超纯水中,-80℃保存。样品保存
Note:样品保存期间避免反复冻融。
5)样品运输:样品置于1.5 ml Eppendorf管或冻存管中,封口膜封好,装在塑料袋中,干冰运输。

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