技术服务信息
技术服务详细描述
solexa实验方案
* 实验设计:
明烨生物科技作为专业的生物技术服务公司,我们在实验设计方面积累了丰富的经验,可以免费为客户提供专业的、个性化的实验设计方案.
* 实验步骤:
对客户提供的mRNA(或总RNA)进行样品检测,样品检测合格后采取如下技术路线进行测序:
基因表达方法采用Illumina Digital Gene Expression试剂盒。选取起始1~2μg总RNA,利用OligodT的beads富集总RNA样本中mRNA,并逆转录为双链cDNA,采用4碱基识别酶DpnII酶切双链cDNA,链接Illumina adapter1,利用MmeI酶切3’端20碱基,并在3’端链接Illumina adapter2。
再加入Primer GX1和Primer GX2, 进行15个循环的PCR扩增(10 seconds at 98°C, 30 seconds at 60°C, 15 seconds at 72°C ,10 minutes at 72°C)。扩增后样本通过6% TBE PAGE胶回收85碱基条带,纯化后通过Illumina基因表达测序法测序。
* 技术参数:
每个通道,测序片段35个bp。
保证测量500万Read。
简单的数据分析:
1)、Reads数目统计及频率分布图,将Reads比对到参考基因、基因组。
2)、Reads在所有已知的参考基因中的位置分布情况。
3)、不同长度的所有已知的miRNA基因被Reads覆盖的情况。
进一步的数据分析参见详细数据分析方案。
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