细菌基因组测序上海美吉生物医药科技有限公司

技术服务信息

服务名称:细菌基因组测序
服务类别:分子生物学服务 - 第二代高通量测序
价格:询价
允许参观:不允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2017/12/19 10:28:00
浏览人数:12541
诚信指数:1506点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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上海美吉生物医药科技有限公司
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上海市浦东新区国际医学园区康新公路3399弄3号楼
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技术服务详细描述

       随着细菌基因组研究的迅速发展,全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。截至2010年11月,全世界已发布了1748个细菌基因组、61个真菌基因组和103个古细菌基因组序列。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。

       根据不同的研究目的和测序要求,细菌基因组测序可分为四种类型:细菌基因组Scanning、细菌基因组框架图、细菌基因组精细图和细菌基因组完成图。美吉生物灵活应用Roche 454长片段测序、Illumina Solexa短片段高覆盖测序,结合454双末端测序(Paired-End Sequencing)及Solexa末端配对测序(Mate-Pair Sequencing,MP)技术,针对不同的基因组测序类型,提供专业、合理、高性价比的测序服务。

美吉优势

★ 拥有自主实验室和高通量测序平台,可以根据合作伙伴要求灵活安排实验,实验周期短,质量可靠。

★ 拥有ABI3730xl常规测序平台、Roche 454高通量测序平台和Illumina Solexa高通量测序平台,三种平台联合应用,优势互补,在微生物基因组测序中取得1+1+1>3的效果。

★ 技术人员经验丰富,每年完成数百个BAC全长测序、几十个微生物基因组测序的Gap Closing工作。

★ 拥有专业的生物信息团队和大型计算机平台,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

一、细菌基因组Scanning

    细菌基因组Scanning采用Illumina 测序技术,对基因组进行50×低深度测序,根据序列组装结果,以获取基因组序列的基本信息。

 

生物信息分析

1) 原始数据统计

2) 基因组GC含量统计

3) 序列组装

4) 基本基因功能注释

 

二、细菌基因组框架图

       细菌基因组框架图采用Illumina短片段测序技术和末端配对测序(MP)技术,对基因组进行100×深度测序。MP测序数据用来确定Contigs之间的排列关系,结合100×测序深度,可以得到较佳的基因组拼接结果和较高的基因区覆盖度,为随后的基因组信息挖掘提供良好基础。

 

生物信息分析

1) 原始数据统计

2) 序列组装

3) 基因预测

4) 常规基因功能注释

 

三、细菌基因组精细图

       为了避免单个平台的测序偏向性以及短片段造成的基因组组装错误,细菌基因组精细图采用Roche 454长片段双末端测序技术(Paired-End)搭建基因组框架,然后进行Illumina 短片段高覆盖测序(100×),将短片段序列mapping到基因组框架中,即可获得高质量的基因组精细图。在此基础上,可以借助ABI3730xl测序平台对整个基因组或其中的某一区域进行Gap Closing。

 

生物信息分析

1) 原始数据统计

2) 序列组装

3) 基因预测

4) 基因功能注释

四、细菌基因组完成图

       细菌基因组完成图采用Roche 454长片段双末端测序技术(Paired-End)搭建基因组框架,然后进行Illumina 短片段高覆盖测序(100×),将短片段序列mapping到基因组框架中,获得基因组精细图,再借助ABI3730xl测序平台对整个基因组进行Gap Closing,即可得到基因组完成图。

 

生物信息分析

1) 基因组序列拼接

原始数据统计、基因组覆盖度计算、Contigs长度分布等。

2) 基因注释

编码基因预测,基因功能注释(NR、Swiss-Prot、Interpro等)、Non-coding RNA注释、重复序列注释等。

3) 基因功能分类

COG功能分类、KEGG通路分析等。

4) 比较基因组及进化分析

与近源物种的基因组序列对比,进行SNP、SV等变异结构检测、pan-genome和core-genome组成分析、同源基因分析、进化分析等。

                   细菌基因组圈图                                     COG功能分类

成功案例

 

美吉生物已成功完成细菌精细图26例和细菌完成图15例。部分完成图数据如下:

成功案例列表

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