产品介绍

遗传图谱结合QTL定位是目前方案最成熟，效果最好的复杂数量性状定位方法之一。利用高通量测序，可以获得海量的分子标记，利用分子标记进行高精度的遗传图谱构建，穷尽物种所有的重组事件，精确定位目标性状。利用基因组信息，可以直接筛选与性状相关联的分子标记和基因，从而省去复杂的图位克隆过程。

适用范围：

已有参考基因组、发生性状分离的动植物遗传家系群体；

建议样本数：F1≥150个；F2、BC1、RIL、DH≥100个。

技术优势：

快速精准高效的解析基因组之间的差异，对全基因组的每一个碱基进行分析，获得最广泛的分子标记；

快速高效：仅仅45个工作日即可完成全部分析内容，快速解析群体遗传学的相关信息；

标记密度高，定位精细：高密度的分子标记，便于对目标性状进行kb级的定位，一站到底的解决复杂QTL定位的过程。省去图位克隆的复杂步骤；

精准分析：10年以上项目经验的专业分析人员深入解析，精确解决科研过程中的各个问题。

 技术流程

重测序建库及测序流程

遗传图谱分析流程

 技术参数

产品	测序平台	测序策略	检测内容	项目周期
重测序	Illumina PE150	350bp 文库  亲本：5-10× F1、F2、BC1≥1×，RIL、DH≥0.5×	SNP	45个工作日

 

4. 案例解析

案例一：重测序构建四倍体棉花基因组超高密度遗传图并揭示结构变异

    本研究构建了一个包含4,999,048个SNP位点，26个连锁群的四倍体棉花的超高密度遗传图谱，连锁群总长度为4,042 cM（图1、图2）。该连锁图用于准确拼接四倍体棉花基因组scaffold，并通过比较组装的基因组草图序列和遗传图谱，在棉花全基因组水平鉴定了重组率和重组热点（图2）。

图1 SNP在棉花基因组上的分布情况

图2 四倍体棉花遗传图与雷蒙德氏棉D基因组共线性比较

案例二：基因组重测序分析一组水稻渗透系的基因组结构并鉴定产量相关QTLs

    Oryza nivara是一年生的AA基因组水稻，是重要的基因库。为了鉴定和利用O. nivara的等位基因，将其与栽培稻93-11杂交然后不断回交和重复自交构建了一套基因渗透系。利用全基因组重测序，利用131个基因渗透系构建了含有1,070个bin的高密度遗传图，平均每个bin的长度是349kb（图1）。利用这个高密度bin图，对13个产量性状进行了QTL定位，并在两种环境下检测到了65个QTL（图2）。该研究为开发和利用有益等位基因提供了新的遗传材料，为后续精细作图和基因克隆提供了基础。

图1 全基因组水平渗透片段的覆盖率

图2 12条染色体上产量相关QTL的定位

参考文献

[1] Wang S, Chen J, Zhang W, et al. Sequence-based ultra-dense genetic and physical maps reveal structural variations of allopolyploid cotton genomes[J]. Genome Biol. 2015, 16: 108.

[2] Ma X, Fu Y, Zhao X, et al. Genomic structure analysis of a set of Oryza nivara introgression lines and identification of yield-associated QTLs using whole-genome resequencing[J]. Sci Rep. 2016,6: 27425. 

常见问题

（1）重测序的遗传图谱研究在性状定位中有哪些优势？

重测序的遗传图谱研究一次可考察多个性状,而且与简化基因组测序相比，定位精度高，一般可以直接获得与目标性状相关的标记。

（2）重测序的遗传图谱研究对取材有什么要求？
​     构建群体的两个亲本具有较大的遗传背景差异；暂时性群体需要的个体数较多，而永久性群体需要的个体数较少。

（3）遗传图谱研究中应该如何对材料进行表型鉴定？
      应选择遗传力高的性状；个体的性状表型鉴定部位保持一致；在同一环境中进行表型鉴定，建议同时记录性状和环境情况；表型记录要准确。