生物在线 - 让科研更便捷 :生命科学专业网,试剂,仪器,抗体,耗材在线查询

长链非编码RNA(LncRNA)芯片技术服务上海康成生物工程有限公司

技术服务信息

服务名称:长链非编码RNA(LncRNA)芯片技术服务
服务类别:生物芯片服务 - 生物芯片处理和分析服务
价格:询价
允许参观:不允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2018/11/14 9:52:00
浏览人数:7131
诚信指数:972点
了解更多:进入公司展台
使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
点此求购 我要咨询
生物在线声明:以上所展示的信息由企业自行提供,内容的真实性、准确性和合法性由发布企业负责。生物在线对此不承担任何保证责任。

供应商联系卡

上海康成生物工程有限公司
地址:
上海市宜山路700号C2栋3楼 (200233)
邮编:
200233
电话:
800-820-5058/ 400-886-5058(免费热线);021-64451989
传真:
021-64452021
联系人:
market@kangchen.com.cn
所在区域:
上海·上海
邮件:
公司展台:
扫一扫,关注我们

技术服务详细描述

长链非编码RNA(LncRNA)芯片技术服务

        长链非编码RNA (LncRNA) 是一类长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。近年来的研究表明:LncRNA广泛参与各种生物学过程,LncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。通过LncRNA芯片,研究人员能够快速高通量的获得与特定生物学过程或者疾病相关的LncRNA的表达变化,从而为后续的LncRNA功能研究或生物标志物筛选提供极大的便利。

    Arraystar LncRNA芯片可同时检测LncRNA和mRNA,这一突破性芯片平台的构建,使Arraystar成为LncRNA研究领域的先驱和领导者。迄今为止,采用Arraystar LncRNA芯片已发表的SCI论文已超50篇,其中多篇发表在Mol Cell,Hepatology,Blood,EMBO等国际顶尖杂志上。

康成生物是Arraystar中国区唯一代理商,独家为您提供Arraystar公司长链非编码RNA芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。同时,根据您的研究需要,康成还提供各种深入数据挖掘服务。

  Arraystar公司LncRNA芯片产品列表

芯片
规格
描述
NEW   Human LncRNA
Microarray V3.0  Service
Human LncRNA Microarray
 8x60K
LncRNA (~30586) + coding genes (~26109)
NEW   Mouse LncRNA
Microarray V3.0  Service
Mouse LncRNA Microarray
8×60K
LncRNA (~35923) + coding genes (~24881)
Rat LncRNA
Microarray Service
Rat LncRNA Microarray
4×44K
LncRNA (~9300) + coding genes (~15200)

 

 

 Arraystar LncRNA Array芯片特点

1. LncRNA芯片技术的领跑者
    Arraystar LncRNA芯片是首款被SCI论文引用的商业化LncRNA芯片平台,发表的SCI论文迄今为止已有50余篇,遥遥领先于其他竞争对手。
2. 最全面,可靠的LncRNA收集
    通过生物信息学方法建立了严谨,科学的LncRNA筛选流程,实现了对权威数据库(如RefSeq、UCSC、Ensemble、RNAdb、NRED、LncRNAdb等)和高水平文章中的LncRNA最全面、最可靠和最及时的收集。
3. 转录本特异性的探针设计
    LncRNA是以转录本的形式而非基因的形式发挥功能,Arraystar LncRNA芯片采用转录本特异性的探针设计,能够实现对LncRNA准确、特异性的检测,对LncRNA的功能分析极为关键。此外,Arraystar LncRNA芯片使用经典的一个LncRNA一根探针的策略,探针与LncRNA的对应关系非常简单。
4. 灵活,高效的标记方法
    Arrystar LncRNA芯片平台采用了一种灵活,高效的aRNA标记方法,不但可以同时标记带PolyA尾巴和不带PolyA尾巴的RNA转录本,而且对低丰度或部分降解的RNA转录本的检测灵敏度比传统方法高100倍以上。
 
康成生物LncRNA芯片技术服务实验流程
1. 样品总RNA抽提
    若实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),匀浆后抽提RNA。
若实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
2. RNA质量检测
    使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
3. cDNA样品合成和标记
4. 标记效率质量检测
    使用Nanodrop检测荧光标记效率,以保证后续芯片实验结果的可靠性。
5. 芯片杂交
    在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
6. 图像采集和数据分析
    使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
7. 提供实验报告
    芯片扫描图
    实验方法中英文报告
    RNA质检报告
    芯片数据结果报告,包括差异表达LncRNA列表,差异表达基因列表

               常规lncRNA芯片研究流程

 
康成LncRNA芯片技术服务基本数据分析结果展示
1.  差异LncRNA的筛选
    对于每个实验组有三次及三次以上生物学重复的实验设计,我们应用T检验筛选任意两个实验组之间差异表达的LncRNA,方差分析(ANOVA)则用于从三个以上实验组筛选差异表达的LncRNA,并以邻近(<100kb)mRNAs进行注释。康成生物除了提供常规的通过p值筛选的差异LncRNA,还提供通过   FDR筛选的差异LncRNA。与p值筛选相比,FDR筛选对多重筛选过程中的假阳性率进行控制,是一种更加严谨的筛选方法,更适合于生物学重复较多的临床样本。
    适用范围:一般用于两组或多组实验状态下的比较,建议每组实验至少有3次生物学重复。
 
2.  差异表达的LncRNA的聚类图
    为了全面而直观地展示样品之间的关系及基因表达差异情况,将表达基因做层次聚类分析。用挑选的基因的表达情况来计算样品直接的相关性。一般来说,同一类样品能通过聚类出现在同一个簇(Cluster)中,聚在同一个簇的基因可能具有类似的生物学功能。
     适用范围:两组或多组样品的表达谱数据
 
3.  差异LncRNA的邻近基因分析
    很多LncRNA是通过调控邻近发挥生物学功能,因此通过邻近基因的分析可以为后续LncRNA的功能研究提供线索。康成生物将差异LncRNAs数据与其临近(< 100 kb)mRNAs的差异表达数据整合,以期提供LncRNAs的功能推断。
    适用范围:两组或多组数据比较获得的差异LncRNA
1) GO分析
     Gene Ontology(简称GO)是基因功能国际标准分类体系。GO可分为分子功能(Molecular Function),生物过程(Biological Process)和细胞组成(Cellular Component)三个部分。康成生物对位于差异LncRNA附近(< 100 kb),并且差异表达的蛋白编码基因进行了GO分析。这一方面便于客户从整体上了解差异LncRNA所涉及的GO条目,另一方面也为客户挑选LncRNA提供了线索:客户可以挑选与感兴趣的GO条目相关的差异LncRNA进行后续研究。
 
2) Pathway分析
    康成生物对位于差异LncRNA附近(< 100 kb),并且差异表达的蛋白编码基因进行了Pathway分析。这一方面便于客户从整体上了解差异LncRNA所参与的信号通路,另一方面也为客户挑选LncRNA提供了线索:客户可以挑选与感兴趣的信号通路有关的差异LncRNA进行后续研究。
 
4.  LncRNAs的子类分析
 
    适用范围:两组或多组数据比较获得的差异LncRNA
(1) 差异antisence LncRNAs与相应mRNAs联合分析
    在LncRNA中,研究得比较深入的是反义(Antisense) LncRNA,有超过30%的已注释的人类转录本有相应的反义LncRNA。这些反义LncRNA通过多种机制在转录水平或转录后水平调控相应的正义(sense)mRNA,从而发挥生物学功能。如下图中反义LncRNA诱导染色质和DNA的表观遗传改变,从而影响相应的正义mRNA的表达。康成生物将差异antisense LncRNAs与相应的sense mRNAs信息进行整合,以推断LncRNAs的功能.
 
*图释:反义LncRNA诱导染色质和DNA的表观遗传改变,从而影响相应的正义mRNA的表达。
 
 
 
(2)差异Enhancer LncRNAs与相应mRNAs联合分析
    LncRNA可以发挥类似增强子的功能,增强邻近蛋白质编码基因的表达,从而在发育和分化等过程中发挥关键作用。康成生物对Ørom UA等人在人类细胞系中发现的3千多条具有增强子功能的LncRNA 进行了详细的注释,并将差异的Enhancer LncRNAs与相应的mRNAs(<300kb)进行了整合,以帮助客户推断这些LncRNAs的功能。

*图释:LncRNA作为增强子,增强邻近蛋白质编码基因表达水平;下图:经siRNA敲除ncRNA后,邻近蛋白质编码基因表达水平下降
 
 
(3)差异LincRNAs与相应mRNAs联合分析
    lincRNAs是目前研究的热点之一。康成生物根据Rinn等构建的lincRNAs数据库,将芯片中符合标准的差异LncRNA挑选出来与相应mRNA(< 300 kb)进行联合分析,以推断lincRNA功能。
 
康成LncRNA芯片技术服务高级数据分析结果展示
康成生物还可以根据客户要求,提供更加深入的高级数据分析。
1) CNC(coding-noncoding gene co-expression)分析
    CNC分析是一种通过LncRNA和mRNA共表达数据,将LncRNA与mRNA联系起来的分析方法。通过CNC分析可以发现与某个LncRNA具有相同表达模式的mRNA,通过这些mRNA的功能,可以将LncRNA与特定信号通路或疾病状况联系起来,从而便于预测LncRNA的功能,并揭示其作用机制。
    适用范围:芯片数量≥6张
    康成生物CNC分析结果展示,下图数据来源于康成客户已发表的文献(Hepatology,影响因子:12.003):

*图释:LncRNA-HEIH在HCC中的共表达网络。黄色的节点代表LncRNA,绿颜色的节点代表与肿瘤生长和药物耐受相关的蛋白编码基因,紫色节点代表功能未知的蛋白编码基因。
 
2)生物标志物分析
    康成生物还为客户提供包括课题设计到最终数据分析在内的一站式biomarker分析,以最常见的筛选预后biomarker为例,我们首先通过Cox回归模型筛选预后相关的LncRNA,然后通过Logistic regression,Nearest Template Prediction (NTP)等多种统计学方法构建预测模型,然后从中挑选出效果最好的预测模型用于后续分析。无论是LncRNA的筛选,还是预测模型的建立,都及其严谨和科学,能最大限度的为客户发表文章提供帮助。

 

 

康成客户实例——Arraystar LncRNA表达谱芯片
Repression of the long noncoding RNA-LET by histone deacetylase 3 contributes to hypoxia-mediated metastasis. Molecular Cell. 2013.
使用芯片: Arraystar Human LncRNA Microarray
    研究者通过 Arraystar Human LncRNA芯片筛查到了在肝细胞癌中特异性低表达的LncRNA分子(LncRNA-LET),并在大规模临床样本中利用实时定量PCR实验发现该LncRNA分子在肝细胞癌、结肠癌和鳞状细胞肺癌中都有特异性低表达;进一步的研究表明该LncRNA的显著下调由缺氧性组蛋白脱乙酰化酶3介导,并通过调节NF90蛋白影响癌细胞转移。本研究首次在分子机制的角度阐述了缺氧、组蛋白乙酰化、LncRNA分子和癌细胞转移之间的关系,找到了新的影响癌细胞转移的治疗靶点,有着重大的生物和临床意义。

HBx-related lncRNA Dreh inhibits hepatocellular carcinoma metastasis by targeting the intermediate filament protein vimentin. Hepatology. 2012.
使用芯片:Arraystar Mouse LncRNA Microarray
    研究人员利用Arraystar Mouse LncRNA芯片在HBx转基因小鼠肝脏中筛选出差异表达的LncRNA,其中LncRNA.Dreh (AK050349)表达量在所有年龄和性别的转基因小鼠中都显著下调。对LncRNA.Dreh进行深入研究发现,LncRNA.Dreh能结合中间丝蛋白并抑制其表达,通过改变细胞骨架结构和形态,抑制癌细胞的增殖和转移。对50例临床样本(肝癌组织v.s.癌旁组织)的研究发现:该分子在癌组织中表达量比正常组织低,并且和病人的预后相关,LncRNA.Dreh表达量高的病人复发率低并且生存期长。该研究首次将乙肝病毒自身表达的HBx蛋白和肝脏组织中的LncRNA关联起来,找到了新的肝癌预后标志物,有着重大的临床意义。

Long non-coding RNA high expressed in hepatocellular carcinoma (LncRNA-HEIH) facilitates tumor growth through enhancer of zeste homolog 2. Hepatology. 2011
使用芯片: Arraystar Human LncRNA Microarray
   
研究者首先通过LncRNA芯片实验和RT-PCR验证,在5例肝癌组织与5例癌旁组织样本中找到了一个肝癌细胞高表达的LncRNA(LncRNA-HEIH),并且在大量样本(50例肝癌和正常组织,20例肝硬化组织和正常肝组织)验证了LncRNA-HEIH的特异性。通过基因共表达网络图和病人生存时间等临床数据关联分析,发现LncRNA-HEIH可以作为一个独立的判断HCC病人生存时间的预后指标。一般LncRNA-HEIH表达越高,HCC病人的预后越差。然后研究人员对LncRNA-HEIH的功能展开了深入的研究。首先利用过表达技术(gain of function )和RNAi技术(loss of fuction)发现LncRNA-HEIH能促进细胞增殖,在细胞周期调控过程中起重要作用。RNA免疫共沉淀和ChIP等实验揭示了LncRNA-HEIH可以通过结合EZH2招募PRC2,进而抑制下游靶基因的表达,实现调控细胞周期的功能。这些结果提示在肝细胞癌症发生过程中,LncRNA-HEIH可能是一个重要的调控“枢纽”。

上图:肝癌(n=5)和癌旁组织(n=5)的芯片聚类结果。Arraystar公司的lncRNA芯片同时设计了mRNA与lncRNA,图A为差异表达的254个mRNA聚类结果,图B为差异表达的174个lncRNA聚类结果。红色代表上调,绿色代表下调。

 

 

 

 

上海康成生物工程有限公司 
地址:上海市漕河泾高新技术开发区虹漕路421号63号楼2楼 
免费热线:400-886-5058 ; 800-820-5058(座机)
电话:021-64451989         传真:021-64452021
网址:www.kangchen.com.cn

 

生物在线声明:以上所展示的信息由企业自行提供,内容的真实性、准确性和合法性由发布企业负责。生物在线对此不承担任何保证责任。

查看长链非编码RNA(LncRNA)芯片技术服务 产品的用户还对以下产品感兴趣

  SABiosciences第二代功能分类基因芯片技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  Affymetrix SNP 芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]
  21.0版microRNA芯片服务   [供应商:联川生物技术公司]
  ABI miRNA检测   [供应商:北京博奥晶典生物技术有限公司]
  microRNA(miRNA)芯片技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  比较基因组杂交芯片(aCGH)技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  DNA甲基化芯片(Medip-chip)技术服务   [供应商:上海康成生物工程有限公司]
  Agilent基因表达谱芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]
  SBC DNA甲基化芯片服务   [供应商:上海伯豪生物技术有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心]
  MicroRNA 芯片技术服务   [供应商:上海欧易生物医学科技有限公司]

ADVERTISEMENT

找不到您所需的产品,发布求购试试?

标题:*
描述:
姓名:*
Email:*
单位:*
电话:*
地址:*
邮编:
资料: 需要 不需要
报价: 需要 不需要
报价: 需要 不需要
我已经阅读并同意生物在线的 《服务条款》《隐私政策》;我对帐户的使用及生物在线对帐户信息的披露将接受生物在线服务条款的约束并遵守中华人民共和国法律