动植物基因组de novo测序上海迪奥生物科技有限公司

技术服务信息

服务名称:动植物基因组de novo测序
服务类别:微生物学服务 - 其它
价格:询价
允许参观:不允许参与实验
所在区域:上海.上海
更新时间:2018/3/21 9:09:00
浏览人数:3323
诚信指数:534点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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技术服务详细描述

动植物基因组de novo测序

 

基因组de novo测序衣叫做基因组从头测序,是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序,然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装,最终获得该物种基因序列图谱。从基因组水平上对物种的生长,发育,进化,起源等重大问题进行研究,将加深我们对物种的认识,在新基因的发现,物种改良等方面发挥巨大作用。

 

采用传统的Sanger法测定高等动植物的全基因需要花费大量的人力和物力资源,这极大限制了全基因组测序的发展。第二代高通量测序技术的成熟和广泛应用。大大降低了基因组测序的成本,缩短了测序的时间,让更多实验室可以独立开展动植物基因组测序项目。

 

 迪奥优势

 

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,可以根据合作伙伴要求灵活安排实验,实验周期短,质量可靠。

 

拥有Roche454IIIumina Solexa两种高通量测序平台,合作伙伴可根据具体需求进行选择,以获得最佳的实验结果。

 

技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求在第一时间提供实验方案,解决实验问题,分析实验结果。

 

拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

 

生物信息分析

 

1. 基因组拼装统计

 

提供基因组拼装的基本信息,包括原始数据统计,测序覆盖率统计,Contig N50大小,Scaffold N50大小,基因组GC含量等信息。

 

2.基因组注释

 

包括基因预测,基因功能注释(同NR,Swiss-Prot,interpro等数据进行同源比对),重复序列分析及Noncoding RNA注释等。

 

3.基因功能分类

 

GO分类,KEGG通路分析等。

 

4.比较基因给学及进化分析

通过比较相近物种的基因组数据,从基因功能,基因组骨架结构,分子进化等方面对目标基因组进行分析。

 

5.建立数据库

 

建立符合国际标准且具有良好兼容性的基因组数据库,实现基因数据的查询与共享。

 

 

实验周期

 

 

 

迪奥生物从获得合用伙伴样品到高通量测序,一般控制在4-6个月内完成。具体完成时间视基因组大小和复杂程度而定。

 

送样要求

 

1. DNA样品:浓度≥200ng/ul,总量≥500ug.OD值在1.8-2.0之间,样品浓度越高越好。

 

2. 植物样品:需为黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组培样品,最好为纯合或单倍体。

 

3. 动物样品:应挑选肌肉,血等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响,应尽量从同一个体中取样,若物种体积较小,从一个个体提取的DNA量不够进行一次测序反应,在保证量的情况下,应尽量减少个体的个数。测序样品最好为纯合体。

 

4. 请填写完整的送样订单,用自封袋密封后随同样品一起送样。

 

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