派森诺生物-Small RNA测序（Illumina /Roche平台高通量测序）
产品名称： 派森诺生物-Small RNA测序（Illumina /Roche平台高通量测序）
英文名称： Small RNA Sequencing
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Small RNA测序
Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA、piRNA。Small RNA在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色，甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。高通量测序技术可以对样本中所有Small RNA家族进行测序和表达定量，从而解析miRNA、siRNA、piRNA、其它非编码RNA以及相应的靶基因序列。
一、 技术路线
推荐平台：Illumina MiSeq
二、 生物信息学分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. 小RNA的注释：
l 小RNA定位到基因组
l 其它序列（tRNA、rRNA、intron、exon、snoRNA、snRNA）注释
l microRNA注释
l piRNA注释
3. microRNA分析：
l microRNA的表达量分析
l microRNA的表达量差异分析
l microRNA表达模式聚类分析（热图）
l microRNA保守性分析
l 靶基因预测
l 网络分析（靶基因互作网络）
l 新microRNA预测
4. 根据客户需求进行个性化分析
三、 样品要求
1. 总RNA：浓度≥750 ng/μl，总量≥20 μg；OD 260/280介于1.8-2.2之间，OD 260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5；RIN值≥8.0；并确保RNA无降解，无污染。或者提供浓度≥20 ng/μl，总量≥200 ng的 Small RNA样品。同时提供Small RNA样品QC数据，包括电泳图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。
2. 提取总RNA时，请避免使用过柱法和LiCl沉淀法，以避免Small RNA的丢失。
3. 样品保存期间切忌反复冻融。
四、 经典案例
案例1：乳腺肿瘤miRNA序列和表达研究
背景：miRNA表达与多种癌症相关，大约50%得到注解的miRNAs在基因组上定位于与肿瘤相关的脆性位点（fragile site）。这说明miRNAs在肿瘤发生过程中起至关重要的作用。
目的：以乳腺癌细胞系、正常乳腺组织和乳腺癌组织作为研究对象，利用高通量测序技术筛选乳腺癌组织差异表达的miRNAs，并探讨其与乳腺癌发生发展的关系。
结果： 在低丰度的miR-196a-2*和miR-146a中发现了2个已知的SNPs；在高丰度的miR-181a(T19G)和miR-185(T16G)中发现了2个核苷酸多态性变异；乳腺癌组织中miR-21高表达，let-7家族和miR-98低表达；远端转移患者的mir-423高表达；三阴性乳腺癌与其他肿瘤亚群的不同之处在于miR-17-92基因簇的正向调节。研究结果有助于进步一了解miRNA在肿瘤发生过程中的调控作用。
[ Farazi TA, Horlings HM, ten Hoeve J, et al. MicroRNA sequence and expression analysis in breast tumors by deep sequencing. Cancer Research, 2011, 71(13): 4443–4453 ]
背景：植物为适应不同的环境，如干旱、盐碱、营养胁迫等，形成了一系列的分子调控网络，而miRNAs在适应生物和非生物胁迫中有着重要的作用。
目的：构建不同组织和不同处理的水稻miRNA文库进行高通量测序，获得高分辨率的水稻miRNAs谱，为禾本科植物miRNA研究提供借鉴思路。
[ Jeong DH, Park S, Zhai J, et al. Massive analysis of rice small RNAs: mechanistic implications of regulated microRNAs and variants for differential target RNA cleavage. The Plant Cell, 2011, 23: 4185-4207 ]
四、 常见问题解答
1. Q：原始数据中为什么含有3’接头和5’接头序列？
A：因为Small RNA的长度一般为18~30 nt，因此一般选用Illumina 1×35 bp模式进行深度测序，所以得到的结果连接有一段3’接头序列。污染指的是5’接头分子，由于加接头时接头分子都是过量加入的，因此会有空载现象，结果造成数据中含有少量的5’接头序列污染。通常污染的比例会低于5%，属正常现象。
2. Q：TUNEology 波长可调检测卡盒-->