百迈客全面升级的转录组测序北京百迈客生物科技有限公司

技术服务信息

服务名称:百迈客全面升级的转录组测序
服务类别:分子生物学服务 - DNA测序服务
价格:询价
允许参观:允许参与实验
所在区域:北京.北京
更新时间:2014/3/3 10:04:00
浏览人数:1343
诚信指数:341点
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使用范围:仅限科研使用,不能应用于临床
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北京百迈客生物科技有限公司
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技术服务详细描述

 

1转录组分析及其技术优势
转录组分析
转录组是指一个活细胞在特定状态下所能转录出来的所有mRNA的总和,包括编码RNA和非编码RNA。高通量转录组测序技术是基因功能及结构研究的基础,无需了解物种基因组信息,能够对任意物种进行转录组分析,可全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的完整表达信息,已成为基因表达和转录调控机制研究的重要手段。
主要研究方向
转录本结构研究:UTR区识别、可变剪切预测、分子标记开发等
基因转录水平研究:基因表达定量、基因功能注释、不同样本间差异表达基因分析等
非编码区域功能研究:non-coding RNA研究、microRNA前体研究等
全新转录区域研究:检测新基因,完善物种基因组功能注释
百迈客特有转录组测序优势
* 个性化的方案设计
我们会根据老师的研究目的、实验材料、研究经费等情况,为老师量身定制实验方案及个性化的分析内容,将问题提前解决,避免出现获得大量转录组数据后却不知如何使用的问题,以实现转录组测序效益最大化。
* 高精度的数据分析结果
       严格的质控体系:贯穿全程的质量评价体系,包括原始数据质量评估、数据组装结果评估、数据整体质量评估,确保分析结果的可靠性(如图1)。
       高完整性、低冗余度的转录组本组装: 对于没有参考基因组的物种,采取合并组装,实现组装结果的高完整性和低冗余度,为后期数据分析提供更可靠的reference
* 深入可靠的差异基因分析
       更准确的基因表达量计算,更全面的基因差异表达分析: Tophat2/Bowtie+RSEM结合使用实现表达量计算结果的高准确性,我们利用unique比对与multiple比对信息,采用极大似然算法对表达量进行精确估计,从而更真实地反映基因的表达量情况(如图2);
 

 

 

注:RSEM使用Bowtie将原始的read比对到组装得到转录本上,然后根据比对到转录组本unique区段(红色区域)的reads数和比对到repeat区段(蓝色区域)的reads数,采用极大似然算法来估计比对到转录本上reads数目的期望值,最后利用RPKM/FPKM值进行表达量计算。
 
       GO/KEGG富集分析,有效捕获感兴趣信息,直观化的数据结果方便目的基因选择:差异表达基因分析更加深入,针对GOKEGG注释结果的海量数据,利用更全面的GOKEGG富集因子分析,让您在众多的差异表达基因中找出自己真正感兴趣的基因与代谢通路,以解决您真正关心的科学问题,实现项目效益的最大化(如图3、图4)。

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