DCAM-13:MeDIP芯片技术与甲基化综合数据分析

MeDIP(methylated DNA immunoprecipitation 甲基化DNA免疫共沉淀)技术已经被广泛应用于测定生物细胞在不同发育时期,临床表型,以及环境作用下的全基因组...

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DCAM-12:DNA甲基化趋势在基因组染色体上的分布特征

为了明确芯片探针的在UCSC hg19基因组版本中的定位,我们将芯片中的甲基化探针(长度各122bp)序列依次比对到人类基因组上,以确定唯一比配和多位置匹配的情况。

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DCAM-11:DNA甲基化趋势在TSS邻近区域的分布特征

本方案可对TSS临近启动子上下游区域上甲基化水平进行基因组范围内的统计分析,探讨甲基化调控在基因具体空间位置上的分布特征。结合基因表达水平数据,按照表达水平等级依次对甲基化的空间位置效应进行...

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DCAM-10:DNA甲基化差异位点邻近启动子区调控基序(motif)的识别

本方案可以识别出差异甲基化区域上存在的特殊DNA序列模式,DNA基序(motif)。这些序列特征可能与差异化甲基化的发生机制相关,也可能在表观水平改变后对转录调控起到调控作用。

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DCAM-09:DNA甲基化趋势与基因表达调控的关联分析

本方案针对基因转录水平和对应的基因甲基化程度进行关联分析,期望识别出甲基化空间/时间特异性与基因表达转录调控之间的联系。该分析模块需要结合基因转录组表达谱数据。

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DCAM-08:差异化甲基化位点临近基因生物学功能注释

本方案将对甲基化差异区域基因的功能进行注释分析,针对差异甲基化区域的分子功能生物学过程进行富集度分析(GO enrichment analysis)。

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DCAM-07:差异化甲基化位点临近基因生物通路分析

生物学通路(Biological pathway),包括代谢通路和信号转导通路是生物功能的重要组成部分,我们将各种形式的DNA甲基化基因的生物学通路进行综合分析,考察DNA甲基化变异...

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DCAM-06:基于甲基化谱构建疾病预后诊断预测模型

本方案可提供解决发现差异化DNA甲基化趋势的算法和计算分析技术,并依据差异化DNA甲基化谱构建疾病或表型的分类模型;特别的,对于病例对照设计实验的样本,我们可以构建...

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DCAM-05:样本组间的甲基化趋势(非监督/监督式)聚类分析

本方案可对全基因组甲基化谱进行监督与非监督聚类分析,并可在聚类图下方用颜色标注出样本类型(注释。根据聚类的情况,行表示每个甲基化位点特征(即每行代表一个甲基化位点探针CpG ID),列表示样本。

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DCAM -04:样本组间的甲基化趋势差异分析

实验组(或病例组)与对照组之间的差异化甲基化趋势分析将采用wilcox检验对每一甲基化位点的探针进行检验。对于多重假设检验的矫正,我们将分别采用多种校验算法...

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DCAM-03:DNA甲基化芯片相关性评估

依据各样本病例组和对照组的beta score,采用Fisher和Pearson卡方检验对病例组和对照组的甲基化位点和非甲基化位点分别进行统计,本分析期望探寻...

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DCAM-02:DNA甲基化芯片相关性与重现率(重复率/相关性)分析

本方案将采用Pearson 皮尔森相关系数(PCC)评估实验组 vs.对照组甲基化谱相关性,以及评估样本组内的芯片信号质量的重现率(重复率)。

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