NSAM-09 比较基因组分析-始祖染色体进化

本方案分析目标就是通过同源性比较基因组分析构建多物种的始祖染色体(proto-chromosome或ancestrychromosome);推断始祖染色体和基于分子钟估计世系的分歧时间。

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NSAM-08 比较基因组分析-系统发生分析

本方案在全基因组水平上,我们可以用不同的特征来考察物种之间的进化关系,能够从不同的观察角度和不同的层次(如序列层次和结构层次)来研究物种之间的系统发生关系。

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NSAM-07 比较基因组分析-同源基因分析

本方案将讨论物种同源序列以及进化过程中和在特定选择压力下的基因功能与进化问题。同源序列可分为两种:直系同源(orthology)和旁系同源(paralogy)。

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NSAM-06 比较基因组分析-同线性分析

利用模基因组之间编码顺序上和结构上的同源性,通过已知基因组的作图信息定位另外基因组中的基因,从而揭示基因潜在的功能、阐明物种进化关系及基因组的内在结构。

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NSAM-05 基因组注释-转座元件与复重序列

对拼接的基因组存在重复片段,包括转座子和反转录子,其他重复片段进化预测和分类统计。

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NSAM-04 基因组注释-非编码RNA分析

本方案将对一些重要的非编基因进行注释,包括:miRNA、tRNA、snoRNA。针对功能重要的miRNA和snoRNA,在没有直接RNA数据的情况下,选择非编码基因数据库,采用同源方法其基因进行注释。

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NSAM-03 基因组注释-编码基因功能注释

该分析模块是对基因组预测编码基因后的基因本体功能分析。

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NSAM-02 基因组注释-基因预测

基因预测是注释高通测序数据所获得的连续的基因组序列重要分析内容。分析目的是预测完整的转录本可编码蛋白区域(开放阅读编码框或ORF)的外显子-内含子结构。

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NSAM-01 基因组序列拼接组装

该方案采用优化的拼接算法可对基因组数据进行精确全面的拼接,并通过一系列拼接效果评价指标衡量拼接的优化过程。基因组拼接的原理是根据测序读长read之间的重复片段(overlaps)识别前后位置关系。

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