RSAM-24 密码子偏好性分析

在大部分物种中,同义密码子(synonymous codons)以不同频率被采用,产生一种称为密码子偏好性的现象。群体遗传学研究揭示同义位点属于弱选择性位点,同时密码子偏好性是由选择...

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RSAM-17 转录组进化分析-基于转录组序列的进化分析

本方案采用直系同源基因分析技术获得物种间存在的Ortholog基因对/簇(pairs/cluster),并采用多重序列比对分析技术分析物种间Ortholog基因对/簇序列的全局转录组进化距离...

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RSAM-11 转录组的SNV识别

本项分析是采用SNP/Indel探测算法准确地识别出RNA-Seq测序中的结构体(SNV)。根据RNA编辑水平引发的突变来推断究竟是哪种水平的机制导致转录本的变化...

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RSAM-06 基于基因组的基因预测和功能注释

如果当前研究物种无参考基因组或参考基因组拼接不完整,或同时基因组注释不健全情况下,本方案将从基因组草图的拼接片段中预测转录本(transcripts)和基因结构(genemodel)...

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RSAM-05 de novo 转录组拼接

本方案的研究目的是在没有参考基因组情况下完全依据单端或双端RNA测序数据重构转录本和基因。目前,对于无参考基因组的转录组数据可以应用该方案完成转录本的鉴定重构...

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RSAM-04 融合基因

根据pair-end测序模式获得的读长Read,我们依据融合基因的形成条件搜寻基因组重排情况:paired-ends测序读长(reads)分别比对到不同的...

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RSAM-03 可变剪接分析

RNA转录组变异不仅体现在表达量的变化,也会体现于转录本可变剪切异构体的结构。差异转录组调控分析的重要应用和研究领域是利用转录组RNA-Seq测序数据对比对组的可变剪切事件的差异性进行解析...

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RSAM-02 转录组表达量计算与差异表达分析

本分析模块是对受测样本转录组表达量进行计算。基因表达量的计算将考虑基因表达量标准化(normalization)这一因素,采用RPKM计算方法

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RSAM-12 ASE 特异等位基因表达分析

本项分析是对转录本中的特异等位基因表达量进行偏差检验,分析是否存在显著的等位基因表达偏好性,即ASE。

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RSAM-13 基因表达数量性状定位(eQTL)分析

将数量性状定位(quantitativetraitloci,QTL)和基因表达谱分析联合运用,产生了遗传基因组学或基因表达数量性状定位(expressionQTL,eQTL)。

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RSAM-23 转录组进化分析:miRNA 进化分析

本方案针对转录组转录本预测miRNA发卡结构序列,并预测成熟miRNA.依据物种miRNA数据库分析待测物种之间的miRNA的系统发生树,分析miRNA家族的进化距离。

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RSAM-22 转录组进化分析:基因转换分析

基因转换是指同源序列之间非交互性的信息转换。基因转换现象已在原核生物及真核生物中被广泛发现。基因转换的主要作用是引起序列的转移、致同进化、抗原的变异、抗抗生素的免疫、缺口的修复等。

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