SSAM-13 microRNA 相关的预后生存分析

依据miRNA表达谱差异分析以及对样本组别的聚类分析共同筛选出对组别分类有贡献的候选miRNA, 并采用Kaplan-Meier 总体生存曲线分析特定miRNA表达量在不同组别中的生存期的统计学差异。

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SSAM-02 microRNA 表达量与差异表达

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SSAM-03 新microRNA 预测

本方案采用miRDeep预测方法预测识别新miRNA,并采用RNA-fold预测分析miRNA结构。

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SSAM-04 microRNA 靶基因预测

针对候选miRNA(例如差异分析获得的miRNA),采用经典软件算法,如TargetScan, miranda等算法,预测miRNA靶基因。

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SSAM-05 microRNA-靶基因调控网络分析

本方案分析内容:通过整合microRNA与靶基因之间的调控,microRNA靶基因之间的蛋白-蛋白相互作用,系统认识miRNA对细胞分子网络的调节作用。

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SSAM-06 pri-microRNA 基因预测

本方案将采用双向BLAST和synteny分析识别保守与非保守的pre-miRNA,并分析pre-miRNA侧翼序列用以识别pri-miRNA的5’和3’边界。

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SSAM-07 microRNA 核心启动子预测

采用启动子预测方法,识别预测不同物种中的miRNA的核心启动子。分析miRNA基因在不同物种中的启动子特征,并与编码蛋白基因的启动子特征做比较,探索发现启动子与顺式调控元件之间的关联。

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SSAM-08 基于染色质结构识别microRNA 启动子识别

本方案将综合核小体非结合区域,靠近TSS的功能相关的TF转录因子结合情况,以及miRNA启动子区域上顺式调控元件特征来识别miRNA转录调控机制。

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SSAM-09 microRNA SNP分析

本模块分析目的是针对模式动物的miRNA不同区域的SNP位点和MAF进行统计分析。针对疾病模型下的miRNA突变分析,分析研究可能的SNP在miRNA本身及其靶基因结合区域上的分布和影响。

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SSAM-10 microRNA 进化分析

本方案分析目的是构建指定物种之间miRNA的进行系统进化分析,构建系统发生树;另外对miRNA转录本多物种内长度进行累计分布统计。

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SSAM-11 piRNA分析

piRNA 介导的复合体piRISC在许多动物生殖系细胞中起到抑制转座子转录的重要作用,保护基因组免受插入重组序列的侵袭;同时piRNA 也与基因组中的基因功能区域,编码区域结合,调控靶基因的转录表达

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SSAM-12 microRNA 与多组学数据整合分析

本方案可通过circos图可视化方式分析整合来自基因组,表观组以及转录组多层次的大数据信息。

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