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伯豪生物首例HD高分辨率空间转录组实验已顺利完成

作者:上海伯豪生物技术有限公司 2024-05-06T00:00 (访问量:5582)

2024年1月9日,10x genomics宣布空间转录组新品Visium HD芯片开始上市,这标志着10x空转家族中真正的单细胞分辨率级别的空间全转录组测序产品正式问世。

4月试剂到达伯豪生物实验室后经过一个月的培训与测试,便开始进行实际项目上机实验。今天,国内第一批HD空间转录组真实数据新鲜出炉。经过客户的同意后,分享给大家一睹HD高分辨率空间转录组芯片的强大!

 

全国首批Visium HD空间转录组项目

数据展示

上机样本为某特殊肿瘤样本,两张相同类型样本同时上机,表格内结果为双样本结果均值。结果可见:共获得678115个Bin(Spot),每个 Bin 平均鉴定到的 Reads 数为636.5,平均UMI数为130.3,鉴定到的总基因数为18009(人探针总基因数为18085,实际检测到了18009个,证明捕获效率非常好),整体结果很棒!

下图展示了样本HE图及组织总UMI数与图像对齐结果,可以看出除肿瘤坏死组织外,大部分区域的UMI数都在500以上。

样本HE图及组织总UMI数与图像对齐

对数据进行降维聚类(8μm bin)后,共获得10个Clusters.

A组织Bin 8µm 降维聚类数据

本次上机HD数据均达到10x内部demo数据标准。

 

10x visium HD产品介绍

无偏好性的单细胞分辨率

visium HD芯片摒弃了以大直径55um spot的设计,而是采用2*2um的正方形当做基础分析单位,芯片中间没有空隙。真正的能够做到无间隙,无偏好性的单细胞分辨率水平的空间转录组。目前HD芯片发布捕获框大小是6.5*6.5mm的规格,可检测物种是人和小鼠,兼容石蜡样本。

单细胞分辨率进行全转录组基因表达分析--具有连续的组织覆盖率

利用连续排列的捕获区域(无间隙),探索整张组织切片中最细微的生物学信息。

兼容H&E染色以及IF染色

Visium HD空间基因表达兼容H&E染色以及IF染色。可在同一组织切片上进行高分辨率空间转录组学数据分析。

搭载Visium CytAssist获得最好的数据

Visium HD将强大的全转录组空间基因表达与单细胞尺度分辨率结合起来,来发现每一微米组织中独特的生物学特性。同时启用 CytAssist 仪器,让样本在简单的运行工作流中获得最好的数据。

数据分析:Space Ranger & Loupe Browser

Visium HD具备一体化的数据分析模式,使用Space Ranger,可自动将空间基因表达信息叠加在组织图像上,将原始fastq数据经过质控,比对,定量等步骤后转为gene表达矩阵,供分析人员进行二级分析。还可以使用Loupe Browser进一步可视化和探索Visium HD的数据,同时兼容R和Python开发的生态系统继续分析Visium HD数据。

Visium HD 芯片与基础芯片技术比较

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