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项目文章|甲基化捕获测序助力ALS患者进展和生存相关的DNA甲基化研究

作者:上海伯豪生物技术有限公司 2024-03-05T00:00 (访问量:10583)

期刊:Journal of Neurology

影响因子:6

伯豪技术服务:甲基化捕获测序MCseq

样本设置:41个ALS患者和27个健康对照的外周血样本

 

文章概要

肌萎缩侧索硬化(amyotrophic lateral sclerosis, ALS)是一种累及上下运动神经元系统的致残性致死性神经系统变性疾病。ALS发病机制与表观遗传学有关。本研究是由四川大学华西医院神经内科/神经退行性疾病研究室商慧芳教授团队解析与患者疾病进展和生存的临床异质性相关的DNA甲基化谱。研究中纳入了41例散发性ALS患者,中位随访时间为86.9个月,27例严格匹配的健康对照。进行基于血液的全基因组DNA甲基化分析。结果发现共有948个与进展率相关的差异甲基化位点,298个与进展率相关的差异甲基化位点。采用互补分组策略,共鉴定出948个与进展率相关的差异甲基化位点,298个与进展率相关的差异甲基化区域(R-DMRs),590个与生存时间相关的DMP和197个与生存时间相关的DMRs (S-DMRs)。差异甲基化基因的富集分析强调突触和轴突参与ALS的进展和生存。临床分析显示,PRDM8中R-DMR的平均甲基化水平与疾病进展率呈正相关(r = 0.479, p = 0.002)。DNA甲基化有望成为追踪疾病进展和预测生存结果的潜在生物标志物,也为精准医学提供了靶标。

图1 与进展及生存相关的差异甲基化基因富集于突触和轴突组分和功能。A Gene-concept网络图(cnetplot)。B蛋白相互作用网络图(PPI)。

图2 ALS患者的DNA甲基化、进展率和生存时间。A PRDM8 R-DMR平均甲基化水平与进展率之间的相关性。B ANKRD33 R-DMR平均甲基化水平与进展率的相关性。C ZNF696 S-DMR的Kaplan-Meier曲线。D RAI1 S-DMR的Kaplan-Meier曲线。

小编以为这篇文章采用的思路属于经典的G1 VS G2(患者VS 健康;亚组1 VS亚组2)的组间比较差异分析,在经典思路基础上又有亮点:1.完善的临床生存信息,在样本选取时就考虑收集全面的样本信息,之后可用于进一步分析差异甲基化位点与生存的关联。2. 严格匹配了健康个体,ALS患者存在DNA甲基化改变与代谢、炎症和胆固醇途径有关。在该项研究分析中,研究人员也考虑了环境因素对DNA甲基化的影响,因此严格匹配了HC个体,减少环境因素的影响为研究结果奠定了可靠基础。

伯豪生物的甲基化捕获测序服务可提供基于亚硫酸氢盐转化原理的MC-seq和基于酶学转化的EM-seq两个检测平台。伯豪生物已累计为客户完成千余例表观科研服务项目,涉及组织、细胞、全血、FFPE、唾液、ctDNA等各种实验样本数万例,涵盖肿瘤、胚胎发育、复杂疾病等各个领域,伯豪客户使用甲基化芯片、甲基化捕获测序(MC-seq)、全基因组甲基化测序(WGBS)焦磷酸测序等甲基化研究技术分别在Theranostics、ACS Nano、Front Cell Dev Biol.、PNAS、Ann Rheum Di等期刊发表论文。伯豪生物科研服务合作客户发文影响因子平均达到7分以上。欢迎各位老师咨询驻地销售

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