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与植物和动物代谢组学相比，微生物在生长培养基中浓度较低，具有低浓度代谢物难于检测，胞内和胞外代谢物不易分离等特点。
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是一种体内标记技术，利用含轻、中或重型同位素标记的必须氨基酸培养基培养细胞来标记细胞内新和成的蛋白质
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该技术利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团，经高精度质谱仪串联分析，可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量。
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随着代谢组学的发展，Clayton等于2006年提出了”药物代谢组学” (pharmaco metabonomics)的概念
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该技术采用2种、6种或10种同位素的标签，特异性标记多肽的氨基基团，经过串联质谱LC-MS/MS分析，可同时比较2组，6组或最多10组不同样品中蛋白质的相对含量。
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