Co-IP洗脱物通过高分辨质谱鉴定，可以检测出与靶蛋白相互结合的相关蛋白，可进一步研究细胞内信号通路确定方向。
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Lable-free proteomics MS analysis is quick and convenient method.
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定量蛋白质组学方法包括标记和非标记两大类。常见的标记方法如SILAC, iTRAQ, TMT等. 通过特异性标记多肽的氨基基团，然后进行串联质谱分析，可同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量。
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isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ)该技术利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团，经高精度质谱仪串联分析
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TMT法蛋白质组全谱定量检测，鉴定出差异表达蛋白的常用方法之一。采用体外标记标记同位素，然后质谱鉴定与生物信息学分析。
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