药物代谢组学同样以整体和动态的观点来认识、解释、进而预测个体对药物治疗的效应，它们的发展将有力推动个性化治疗，尤其是两者与中医学的辨证施治思想相结合，
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对特定条件下或某一时刻细胞内代谢物进行的分析, 因细胞内酶系活跃、代谢转换迅速, 取样和样品制备方法显著影响分析结果的准确性、重复性。
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该技术采用2种、6种或10种同位素的标签，特异性标记多肽的氨基基团，经过串联质谱LC-MS/MS分析，可同时比较2组，6组或最多10组不同样品中蛋白质的相对含量。
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对样品进行cIEF等点聚焦，而后对主峰纯度进行积分，得出样品电荷异质体纯度。样品平行3针，每针积分得出主峰纯度值，当RSD≤5%时，报告平均值。
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保持细胞的完整性, 防止胞内代谢物的泄漏, 以正确反映微生物细胞的生理状态, 是微生物代谢组学研究的关键。
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使用CE (毛细管电泳仪) 对样品与已知等电点多肽混合物进行等电聚焦电泳，依据样品与参照肽段的相对迁移时间计算样品的等电点。
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使用CE (毛细管电泳仪) 对还原与非还原样品进行CE-SDS纯度分析，而后对主峰纯度进行积分。样品平行3针，当主峰纯度RSD≤5%时，报告平均值。
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