百迈客SLAF-seq技术及HighMap构图软件又添两篇力作

来源: 北京百迈客生物科技有限公司   2015-1-13   访问量:5731评论(0)

近日,依靠百迈客公司自主研发的SLAF-seq技术及HighMap构图软件,南京农业大学、扬州大学与百迈客合作完成两项黄瓜高密度遗传图谱绘制,成果分别发表在著名学术期刊《BMC Genomics》、《Frontiers in Plant Science》上。

百迈客与南京农业大学合作完成的黄瓜高密度遗传图谱绘制与果实性状QTL定位研究中,运用百迈客SLAF-seq及HighMap构图软件构建了黄瓜高密度遗传图谱。此图谱包含了1,800个分子标记,总图距为890.79 cM, 标记间平均距离为0.5 cM。同时定位到果实长度和重量的QTL位点9个,其中QTL位点fl3.2对表型变异的贡献率为44.60% 。此外,利用绘制的高密度遗传图谱矫正了两个组装错误的scaffolds。

百迈客与扬州大学合作完成的黄瓜高密度遗传图谱研究中,运用SLAF-seq及HighMap构图软件成功构建了黄瓜高密度遗传图谱。此图谱包含了1,892个分子标记,总图距为845.87 cM, 标记间平均距离为0.45 cM。这张高密度的遗传图谱为QTL精细定位及黄瓜的分子育种提供了基础。

此两项研究成果是重要作物遗传图谱的研究成果,为研究黄瓜的遗传多样性及进化历程提供了新的启示,奠定了解析重要驯化性状建成、发掘优异基因/标记的基础。同时为黄瓜种质资源的保护、开发、利用和拓宽黄瓜育成品种遗传基础、推进新品种培育进程提供了重要信息资源。

SLAF-seq技术是百迈客自主研发的一种简化基因组专利技术,此技术酶切方案灵活、避开重复序列、不受参考基因组的限制。SLAF-seq技术已成功应用于群体进化、图谱构建、QTL定位、大规模群体的全基因组关联分析和辅助scaffold组装到染色体等研究中,帮助科研者进行功能基因定位和分子育种。目前,此技术已在多个物种中成功实施,如猕猴桃、大豆、芝麻、玉米、黄瓜、林木和水产等,多项研究成果发表在国际著名杂志上。

HighMap是百迈客自主研发的高密度遗传图谱构建软件,HighMap构图过程主要包括连锁分群、标记排序、基因型纠错和图谱评估4部分,采用多次排序和纠错策略,可以提高测序数据的利用率,提供更准确的标记排序、稳定的遗传距离和高质量的图谱。对比其他作图软件,其运算速度、容纳错误数据的能力、标记的排序和图谱质量等方面都远胜于JoinMap4.1和JoinMap4.0。利用该构图软件绘制的遗传图谱发表在多篇著名杂志上。

此两项研究成果的发表进一步提升了SLAF-seq及HighMap在基因组学研究领域中的地位,也表明了百迈客在功能基因挖掘方面的强大实力。

利用百迈客SLAF-seq技术构建的遗传图谱(Xu X.W., et al. 2014)

黄瓜遗传图谱与QTL定位文章:

Wei Q.Z., et al. An SNP-based saturated genetic map and QTL analysis of fruit-related traits in cucumber using specific-length amplified fragment (SLAF) sequencing. BMC Genomics , 15:1158.(2014).

Xu X.W., et al. A High-Density Genetic Map of Cucumber Derived from Specific Length Amplified Fragment sequencing (SLAF-seq). Front. Plant Sci, 5:768 (2014).

大豆遗传图谱文章:

Li B,et al. Construction of a high-density genetic map based on large-scale markers developed by specific length amplified fragment sequencing (SLAF-seq) and its application to QTL analysis for isoflavone content in Glycine max.. BMC Genomics, 15:1086(2014).

Zhaoming Qi,et al. A High-Density Genetic Map for Soybean Based on Specific Length Amplified Fragment Sequencing. PLoS One, 9(8):e104871 (2014).

鲤鱼基因组文章:

Xu P, et al. Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio . Nature Genetics46(11):1212-9(2014).

芝麻基因组文章:

Linhai Wang,et al. Genome sequencing of the high oil crop sesame provides insight into oil biosynthesis. Genome Biology 2014, 15:R39

Zhang Y,et al. Construction of a high-density genetic map for sesame based on large scale marker development by specific length amplified fragment (SLAF) sequencing. . BMC Plant Biol. 2013 Sep 24;13:141.

百迈客SLAF-seq技术文章:

Sun X, et al. SLAF-seq: an efficient method of large-scale de novo SNP discovery and genotyping using high-throughput sequencing.. PLoS One, 8(3):e58700 (2013).

百迈客猕猴桃基因组文章:

Shengxiong Huang, et al. Draft genome of the kiwifruit Actinidia chinensis. . Nature Communications4: 2640 (2013).



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