天河二号超级计算机助力AlphaKnockout基因打靶专家系统

来源: 赛业(广州)生物科技有限公司   2017-7-12   访问量:725评论(0)

天河二号超级计算机助力AlphaKnockout基因打靶专家系统

如果说发生在2016年春天的人机大战给围棋界带来的是一次不小的震动,那么2017年新年,围棋界顶尖的人类棋手们算得上经历了一次“飞蛾扑火”般的悲壮。有人说阿尔法狗就像一台永动机,在拥有庞大计算能力的谷歌云端不停地练习,永不停歇。这意味着它每一秒、每一天都在进步。

同样,对于天河二号超级计算机,相信国人再熟悉不过了。连续6次蝉联全球最快的超级计算机之后,天河二号与神舟、天宫一号、蛟龙号成为国家级名片。天河二号共有16000个运算节点,共312万个计算核心,其双精度浮点运算峰值速度达到每秒5.49亿亿次。在高性能计算、云计算和大数据等方面,“天河二号”都有着大规模的应用。

赛业生物非常荣幸地加入了天河二号不断扩充的用户行列并取得重大突破。赛业生物研发的“阿尔法鼠”——AlphaKnockout基因打靶专家系统借鉴“阿尔法狗”永不停歇的深度学习机制,并借助强大的天河二号进行大规模超强度运算,将基因打靶技术制作基因工程鼠的方案设计过程人工智能化。

众所周知,基因打靶方案的好坏会直接影响基因打靶的效果。以往一个非常熟练的方案设计专家出一份方案需要一到两个小时,在这过程中,技术人员需要考虑几十种因素,并且根据这些因素的重要程度进行平衡。即使是经验丰富的专家,疏漏也在所难免,而且什么方案最优,也基本靠经验主观判断。而用计算机来实现上述人类的智慧活动则有很大优势。

赛业生物历经十一年发展,其独特优势就是拥有一个由国际顶尖生物技术专家、生物信息学专家和IT技术专家组成的一流团队,该团队已成功研发出全球首款基因载体智慧设计平台VectorBuilder (www.vectorbuilder.com),且已服务全球数万实验室。赛业生物的基因打靶专家为生物信息学团队提供几十种需要考虑的因素,生物学信息团队将这几十种因素当做限制性条件设计计算规则,IT团队则借助天河二号的超级计算能力利用人工智能算法进行计算,让设计方案不断从局部最优向全局最优逼近,从而得到最优方案。更为可贵的是,赛业生物在过去几年成功完成了数以千例的小鼠和大鼠基因打靶项目,积累了大量可靠的数据来训练我们的人工智能系统,让系统进行深度学习,以达到系统参数的最优。这一点类似于阿尔法狗大量学习人类棋谱。

凭借丰富的生物技术领域的智能化软件设计经验和高效的团队合作,赛业生物的技术团队在短短半年间就成功研发出了人工智能的AlphaKnockout基因打靶专家系统。该系统免费开放以来,已有数千用户在上面便捷地获取了基因打靶设计方案。并且,作为开发者的赛业生物承诺永久免费开放使用。

现在,您只需登录www.alphaknockout.com,输入需要敲除的基因信息,即可得到设计完善的方案,并且系统会根据生物信息学算法,提供多至三个方案,并按优先次序排序,排第一位的是默认的最优方案。在天河二号的强大运算能力和赛业云端服务器的支持下,整个过程不超过半分钟。



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