如何快速查找LncRNA序列

来源: 上海云序生物科技有限公司   2018-11-28   访问量:3090评论(0)

LncRNA序列的网站有很多,包括GenebankEnsemblRefSeqUCSC数据库等。今天,小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。
 一.根据LncRNA来源数据库,进入相应链接。
1. Genebankhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Ensemblhttp://asia.ensembl.org/index.html
3. RefSeqhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
4. UCSChttp://genome.ucsc.edu/
 二.根据“gene_id”查看LncRNA在所属数据库的ID号。 
1. Genbankhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/
红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_idAK009210
 
点击FASTA键,复制获取序列。
 
 2. Ensmblhttp://asia.ensembl.org/index.html
选择物种类别,详见Report-Sequence_Results-Supplementary(可选项)。红框内输入gene_id号,点击GO。假设gene_idENSMUSG00000099021
 


 转到Genbank,复制获取序列。
 3. RefSeqhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_idC630043F03Rik
 
点击FASTA,获取序列信息。
 
 4. UCSChttp://genome.ucsc.edu/
Genomes下拉菜单选择参考基因组,一般人类选择hg19,鼠选择mm10
 
 红框内输入gene_id号,点击search。假设gene_idIvns1abp,点击go
 
 点击下图的红框。
 
 点击下图的红框。
 
 选择mRNA,复制获取序列信息。
 

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