单细胞数据分析视频教程来袭—手把手教您使用loupe(一)

来源: 北京博奥晶典生物技术有限公司   2019-5-17   访问量:1569评论(0)

 


做完了单细胞实验

还在为数据分析发愁吗?

还在找别人帮忙作图吗?

 

 



 


博奥晶典专门为各位老师独家整理并制作了单细胞数据分析可视化软件——loupe软件操作的系列教程,我们将loupe中可实现的重要功能进行了全面的梳理讲解,将在陆续几期推文中为大家一一展示。抑制住您激动的心情,请先看以下内容!

 




 

 

Loupe 软件简介

Loupe软件是10x官网的一款功能强大、可视化软件,老师们可以通过软件查看自己的实验结果,也可通过十分简单的操作,实现许多重要功能,如:细胞亚群细分、导出基因表达列表、查看多样本联合分析(AGGR)结果、免疫组库多样本比较等。

 

 

接下来,小编先带大家认识一下

loupe cell browser软件的界面~

 

 

 

 

 

 

 

在我们给出的结果中没有整个样本中各个亚群的基因表达列表,莫方,在这里,您可以自由选择,导出指定亚群、上调或者下调基因、top50或者top100或者all genes的基因表达列表,再进行后续分析。

 




 


定义细胞亚群是单细胞分析中的一个重要内容。本期,小编为您介绍根据一个或多个marker基因的表达来定义细胞亚群,另外两种将在下期为您奉上。您可在这三种方式中自由选择,也可结合手上的资料将三种方式进行组合使用。

 



 

 

本期内容就到这里咯

下期小编会继续为您带来

另外两种定义细胞亚群的方式

以及AGGR部分的分享

不要失约哦!

 


博奥晶典科研服务事业部 李晓敏 张静茹 | 文案

 

文中部分配图源于网络 侵删

 

 



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