宿主细胞范围广

腺相关病毒可以感染广泛的哺乳动物细胞并且以成功应用于人源和非人源蛋白的表达，宿主细胞活跃的分裂不是感染的必要条件，重组腺相关病毒能感染分裂期和非分裂期细胞。和其它病毒来源各种载体相比，已证明用于具有免疫活性细胞的基因表达时，腺相关病毒载体效果更好。

长期的基因表达能力

重组AAV 能保存于人类宿主细胞中，保持长期的基因转录表达能力，对于终末分化的细胞这个优点特别明显。这是因为绝大多数重组AAV 不会整合到基因组上，而是串联形成附加体（episome）存在于细胞核中。

低免疫原性

与已获得临床应用的腺病毒载体相比，AAV 在注射后引起的免疫反应是微弱并且短暂的。大剂量全身性特别是尾静脉使用虽然也会导致抗体的产生，但很少有感染上的细胞之后被细胞免疫系统所清除，这被认为与AAV 对抗体呈递细胞感染(APC)较弱相关。当AAV 用于局部感染肌肉、脑、眼等组织时，重复感染效率基本上不会受到太大的影响。

良好的扩散性能

AAV 的病毒粒径只有腺病毒的1/5，慢病毒的1/4，体积上相差数十倍到100 倍，所以AAV的扩散性远高于这两种病毒。实践证明，AAV9 型可以透过血脑屏障感染神经元和胶质细胞，这为无创基因转导和治疗神经系统性疾病提供有力工具。另外病毒原液经浓缩后滴度可达≥10¹² 病毒颗粒/毫升（V.G./mL），结合这两种性质，无论是在局部还是整体AAV 都能形成大面积的感染。

较高的生物安全级别

AAV 是天然缺陷型病毒（生产性感染依赖于几个额外的反式因子），并且目前还没有发现它和任何的人类疾病有关联。在AAV Helper-Free System 中，AAV 反向重复（ITR）序列和rep/cap基因分别位于缺少共同序列的单独的质粒上，以阻止生产出重组野生型病毒。这样特征赋予了作为病毒来源的基因传递和表达系统的AAV Helper-Free System 一个较高的生物安全级别。