芯片名称：Illumina custom methylationBeadChip

芯片品牌：美国Illumina

 芯片信息：采用illumina专利的GoldenGate技术检测重亚硫酸盐转化后的每个CpG位点的C和U的比例来确定每个CpG位点的甲基化发生程度，可以在单个CpG位点水平上提供定量的甲基化数据。illumina自定义甲基化芯片可以提供两种通量的甲基化芯片定制，即一张芯片可定制96个（≤96）甲基化位点或384（≤384）个甲基化位点。定制甲基化芯片最低起订量为480个芯片，可检测480个样本，没有物种限制。研究者可以完全根据研究需要任意挑选甲基化位点制成甲基化芯片，来进行大样本量多甲基化位点的表观遗传研究。

技术路线

生物信息分析模块

样品要求

1）样品类型：细胞、新鲜组织或DNA样品。

2）样品量：细胞样品请提供至少5×106个细胞，组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。

3）样品质量：DNA无明显降解，OD260/280值在1.7～1.9之间，浓度≥ 50ng/μl。

4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）用液氮速冻后，-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE（PH8.0）中，-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。

5）样品运输：细胞或组织样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中，密封后，冰袋运输。

6）需要检测的甲基化位点信息。

参考文献

[1]  Sandoval J, Heyn H, Moran S, Serra-Musach J, Pujana MA, Bibikova M, Esteller M.Validation of a DNA methylation microarray for 450,000 CpG sites in the human genome..Epigenetics. 2011 Jun;6(6):692-702. Epub 2011 Jun 1.

[2] KWilhelm-Benartzi CS, Koestler DC, Houseman EA, Christensen BC, Wiencke JK, Schned AR, Karagas MR, Kelsey KT, Marsit CJ. DNA methylation profiles delineate etiologic heterogeneity and clinically important subgroups of bladder cancer. Carcinogenesis. 2010 Nov;31(11):1972-6. doi: 10.1093/carcin/bgq178. Epub 2010 Aug 28.