概述

 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。

高通量转录组测序技术，无需了解物种基因信息，能够对任意物种进行转录组分析，并接测定每个转录本的片段序列，精确到单核苷酸的分辨率；动态达6个数量级，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本，以及检测基因家族中相似基因和可变剪接造成的不同转录本的表达；被广泛的应用于转录本结构研究（基因边界鉴定、可变剪切研究等），转录本变异研究（如基因融合、编码区SNP研究），基因表达水平研究以及全新转录本发现。

技术路线

生物信息学分析模块

样品要求

1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。

2）样品的量：细胞样品请提供至少1×10⁷个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。

应用案例

利用RNAseq方法证明了前列腺癌基因组通过致癌mTOR信号转导的特殊转化途径，该过程产生一个异常的基因群参与细胞增殖、代谢和侵袭。随后对一类转化控制的促侵袭mRNA进行功能鉴定，发现这些mRNA导致了癌症侵袭和转移

参考文献

[1] Guojie Zhang, Guangwu Guo, Xueda Hu, et al. Deep RNA sequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the rice transcriptome. Genome Res. 2010, 20(5): 646-54.

[2] Michael F. Berger, Joshua Z. Levin, Krishna Vijayendran, et al. Integrative analysis of the melanoma transcriptome. Genome Res. 2010, 20: 413-427.

[3]Perkins TT, Kingsley RA, Fookes MC, et al. A Strand-Specific RNA–Seq Analysis of the Transcriptome of the Typhoid BacillusSalmonella Typhi.PLoS Genet.2009, 5:e1000569.