芯片数据分析-生物芯片服务 -技术服务-生物在线

产品名称：芯片数据分析

英文名称： Microarray Data Analysis

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产品价格：询价：021-33836280

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上海朗康生物科技有限公司

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芯片数据分析服务

DNA microarray data analysis

通用芯片数据分析项目

一．芯片数据信息读取（必须）

芯片数据一般都是通过荧光检测装备检测到的荧光强度，芯片上的每一个点（spot）都有自己的杂交信号，通过扫描及读取，可以获取这些杂交信号的相对强弱。

二．数据的预处理以及均一化（必须）

将芯片探针同步到不同的annotation库里面，读取的杂交信号进行log化等预处理，多个探针表达水平同步到特定的基因上，然后进行背景校正，多样本之间进行归一化等等，得到各个基因的相对表达水平。

三．样本表达水平整体分析（可选）

使用样本间的correlation test，主成分分析（PCA）等手段，可以粗略看出各个样本间的成员关系，以及它们之间的相关性，从而对实验好坏做出推断。

四．表达水平差异基因筛选（推荐）

基于不同的实验设计，我们使用相对应的统计手段，如student-t test, ANOVA, ANCOVA, regression test以及simulation等等，得到统计上显著的差异表达的基因、microRNA或者甲基化区域等等。

五．基于表达量的聚类分析（推荐）

具有相似表达量变化趋势的基因很可能具有相同或者相似的功能，基于 hierarchical cluster或者k-mean cluster等方法对基因或者microRNA以及样本进行聚类分析。

六．Gene Ontology分析（必须）

对于得到的特定基因分类，我们采取DAVID、EasyGO等GO分析软件对所得基因进行功能分析，并得到可能的富集功能，绘制相关图和表格。GO 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的GO 分析，可以找到富集差异基因的GO分类条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。

七．Pathway Analysis分析（必须）

基于KEGG等数据库，我们采取超几何分布检验等统计手段，得到显著富集的生物信号通路或者代谢通路。通过差异基因的Pathway 分析，可以找到富集差异基因的Pathway 条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些细胞通路的改变有关

八，Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）分析（推荐）

基因富集分析，它是用统计学的方法分析若干类功能基因簇（gene set）是否在不同的生物样本组中存在差异，通过芯片实验数据的分析，寻找不同样品的差异基因可能与哪些生物学功能相关，为后期实验提供参考。

九，针对不同类型芯片的分析

例如SNP芯片的CNV和LOH分析，microRNA芯片的靶基因预测，外显子芯片的可变剪切体分析等等。

十，个性化数据分析

按照客户的要求和课题的特殊要求进行个性化数据分析。

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