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均一化文库测序

均一化文库测序

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产品名称: 均一化文库测序

英文名称: Equalized cDNA library sequencing

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晶能生物技术(上海)有限公司
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均一化cDNA文库是指某一特定组织或细胞的所有表达基因均包含其中,且在cDNA文库中表达基因对应的cDNA的拷贝数相等或接近。构建均一化的cDNA文库的主流方法是基于基因组DNA在拷贝数上具有相对均一化的性质,通过cDNA与基因组DNA饱和杂交而降低在文库中高拷贝存在的cDNA的丰度;均一化处理后文库的高丰度表达 cDNA 是处理前的0.3%2.5%,基本满足节约筛选的要求。

均一化cDNA文库具有以下4方面的优点:第一,在经济上具有广泛的应用空间,可以节约大量试验成本。第二,增加克隆低丰度mRNA的机会,适用于分析各种发育阶段或各种组织的基因表达及突变检测。第三,与原始丰度的mRNA拷贝数相对应的cDNA探针与均一化的cDNA文库作杂交,可以估计出大多数基因的表达水平及发现一些组织特异的基因。而以往的文库构建,忽略了mRNA丰度的影响。第四,可以用于遗传图谱的制作和进行大规模的原位杂交,作为优化的文库系统还可以用于大规模的测序或芯片制作等研究。

技术路线

生物信息服务

   样品要求

1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。

2)样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA

3)样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl28S:18S ≥ 1.5RIN 7

4)样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOLRNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5)样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。