转录组de novo测序是指不依赖于任何已知转录组序列信息对某个物种的转录组进行测序，然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装，最终获得该物种转录组序列图谱。

技术路线

生物信息分析模块

样品要求

1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。

2）样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。

4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。

应用案例

基因组序列未知的物种，通过转录组de novo测序研究转录本序列和基因表达情，深入研究目标性状形成的分子机制，并可开发cDNA、SSRs、cSSRs标记。

甘薯的块状根是重要农业经济生物器官，可以作为人类主食、动物饲料、工业原材料或生产乙醇原料。因此，对甘薯这种重要经济物种的深入研究十分必要。然而，到目前为止，因为缺少有用的甘薯基因数据库，加上甘薯是六倍体，本身在基因组组装上有一定难度，这些制约了甘薯分子生物学研究的发展。

利用Illumina的 HiSeq 2000第二代测序平台建立了第一个甘薯转录组数据库，开发了cSSRs标记，用于甘薯育种。研究结果表明基于Illumina HiSeq 2000的双末端测序的转录组分析可在非模式物种特别是在基因组大且复杂的物种中能有效地用于新基因发现和新的分子标记的开发。

参考文献

[1] Wang Z, Fang B, et al. De novo assembly and characterization of root transcriptome using Illumina paired-end sequencing and development of cSSR markers in sweetpotato (Ipomoea batatas). BMC Genomics. 2010.

[2] Crawford JE, Guelbeogo WM, Sanou A, et al. De novo transcriptome sequencing in Anopheles funestus using Illumina RNA-seq technology.2010，PLoS One.5:e14202.