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转录组454/Solexa测序服务+信息分析

转录组454/Solexa测序服务+信息分析

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产品名称： 转录组454/Solexa测序服务+信息分析

英文名称： Transcriptome sequencing by 454/Solexa

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北京博莱明创生物技术有限公司
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测序方案选择
 
无参照的转录组测序
有参照的转录组测序
平台
454
Solexa
比较
 （1）454和solexa都属于高通量测序，但是测序原理和通量都不一样，454比soelxa推出要早，454最大的优势就在于读长长，单向序列能到400bp（测转录组会短一些），所以尤其适合未知物种的转录组测序，而solexa虽然通量比454要高大概10倍，但是solexa的读长比较短，现在稳定在76-100bp，所以与454相比，solexa最后的组装结果会比较“碎”（454和solexa转录组组装结果的比较），不容易做基因的功能注释和差异表达，所以当您的物种未知时，我们首先推荐用454，solexa比较适合有基因组情况下的物种。
（2）价格方面：454要比solexa要贵，454测一个run要10万，solexa测一个lane大概3万。
（3）文章方面：现在454转录组方面的文章很多，您可以访问454的网站或google查询，而solexa方面，由于出现的比454晚，且受到读长限制，文章比较少，这两年多了些。
推荐
 454：一个run测两个样本，两个组织或一对对照处理，这样既可测到很多该物种的转录组序列，又可以做基因的表达方面的研究。
Solexa：每个样本测1000万PE。
信息分析内容 ( 博莱明创转录组分析报告：EST Solexa 454 )
1) 原始数据产出统计
2) 序列的组装
3) 基因覆盖度、测序深度统计（需要提供参照基因）
4) Unigene长度分布统计；
5) Unigene功能注释分析，包括NT, NR, Swissprot, Kegg, COG, Interpro&GO
6) Unigene表达谱建立及差异基因的检测(两个或两个以上样品)
7) 差异Unigene 的KEGG Pathway，GO（Gene Ontology）分析
8) 可变剪切分析（最好有物种的参照基因组）
9) 转录组多态性分析：SSR，SNP
10) 转录因子，抗病基因分析