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miRNA技术服务/miRNA病毒包装/miRNA芯片检测/lncRNA研究

miRNA技术服务/miRNA病毒包装/miRNA芯片检测/lncRNA研究

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产品名称: miRNA技术服务/miRNA病毒包装/miRNA芯片检测/lncRNA研究

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汉恒生物科技(上海)有限公司
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miRNA病毒包装

 汉恒生物根据客户研究的miRNA,制定实验方案。将miRNA或者miRNA inhibitor构建到慢病毒载体,生产的病毒颗粒可以直接用于感染细胞或者动物实验。

 

 

汉恒提供服务

 

汉恒生物(Hanbio)已开发并完善病毒载体介导的microRNA过表达和封闭技术平台,可针对不同的microRNA不同的实验要求为客户提供定制服务。您也可直接购买我们已经构建好的microRNA病毒颗粒或病毒载体。

 

 

过表达miRNA慢病毒服务

 

从miRbase上调出pri-mir序列,将成熟miRNA、pre-miRNA或者pri-miRNA构建到慢病毒过表达载体中,其中pri-miRNA(含侧翼序列)的方式由于保留了每个microRNA独自的原始天然双臂结构,效果更好,是应用最为广泛的方法。

 

 

抑制miRNA慢病毒服务

 

miRNA抑制剂(miRNA inhibitor)表达后则高效、特异地结合细胞内成熟的靶miRNA,形成稳定的复合物,阻止了miRNA对靶标mRNA的降解或者翻译抑制,上调miRNA靶标基因的表达。构建mir的下调即封闭,主要的技术是sponges技术。将若干段连续mir成熟序列互补序列串联,使之在细胞内表达,吸附目标microRNA,所以称之为sponges(海绵)。

 

miRNA芯片检测

 

microRNA技术概述


miRNA(microRNA)是一类长度约为20-24nt 的内源性非编码RNA,广泛参与基因转录后调控活动,其中多数miRNA具有高度序列保守性、表达时序性和组织特异性。

 

最近的研究表明,miRNA参与了各种各样的调节途径,包括细胞增殖与凋亡、生长发育、器官形成、造血过程、脂肪代谢、病毒防御等各种功能,具有重要的基因表达调控作用。

 

现在主流的芯片平台是Agilent和Affymetrix,Agilent只检出成熟体,而Affy的芯片前体和成熟体皆检出,假阳性率较高,但Affy的容量相比Agilent的大很多。 汉恒生物(Hanbio)提供Agilent和Affymetrix平台的mirarray筛选服务及后续的芯片数据分析及靶基因聚类分析。

 

 

检测原理

 

1. 针对Agilent miRNA芯片采用独特的茎环状探针设计;

 

2. miRNA成熟体3’端进行Cy荧光标记,这个新标记的C碱基将与探针序列中的G碱基杂交;

 

3. 探针形成的茎环结构起到了稳定杂交体,并限制miRNA前体杂交(A);

 

4. 通过缩短形式的探针设计,降低杂交体稳定性,使多个探针的退火温度趋向 一致(B)。这种设计提高了杂交特异性和灵敏度。

 

 

技术优势

 

1. 特异性高:通过特殊的探针设计有效区分miRNA成熟体和miRNA前体,并有效区分序列高度相似的不同miRNA;

 

2. 灵敏度高:直接用Total RNA进行实验,无需miRNA分离过程,只需100ng的Total RNA即可用来进行标记实验;

 

3. 样品适用范围广:各种新鲜组织、冰冻组织、FFPE组织、脱落细胞等均可进行实验;

 

4. 动态范围广:检测丰度跨4个log,最高可达6个log。低至6000个拷贝的分子就可以检出;

 

5. 芯片更新迅速、定制方便:数据来源于Sanger 数据库最新版本;对于人、大鼠、小鼠之外的动物物种,可以方便的通过eArray进行定制。

 

LncRNA研究

LncRNA简介

 

        LncRNA (Long noncoding RNAs, LncRNAs) 长链非编码RNA 起初被认为是基因组转录的噪音,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明,LncRNA参与了X染色体沉默(图A基因组印记以及染色质修饰,转录激活(图B,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,LncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。

 

哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本LncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%),虽然近年来关于LncRNA的研究进展迅猛,但是绝大部分LncRNA的功能仍不清楚,随着研究的推进,各类 LncRNA 的大量发现,LncRNA 的研究将是 RNA 基因组研究非常吸引人的一个方向,使人们逐渐认识到基因组存在人类知之甚少的暗物质

 

 

 

 

                                              图ALncRNA参与X染色体的沉默;    BLncRNA参与基因的转录激活。

 

服务介绍

 

汉恒生物的LncRNA专家团队可以为您提供从LncRNA筛选、验证LncRNA的功能探索以及更深层次的靶点寻找表达调控机制探索等全方位的服务。

 

 

1. 差异性的LncRNA的筛选

 

A、生物信息学预测

 

根据客户提供的转录组信息、基因特征,通过与数据库(agilent_ncRNALncRNAdbGencode V13H-invDBUCSC_lincRNAsTranscripts等)比较,去除已知可能蛋白编码转录本、tRNArRNArepeat等预测可能的LncRNA

 

B、高通量的表达谱芯片

 

芯片名称

物种

格式

非冗余探针统计

hanbio Human LncRNA芯片

(汉恒高通量LncRNA芯片)

4*180K

LncRNA 46506 条 + mRNA 30656 条

C、新一代的测序

 

具有现代的DNA测序技术的快速测序速度已经有助于达到测序完整的DNA序列。通过逆转录法,将LncRNA逆转录成cDNA,确定某一段序列,再通过RACE方法,确定已知序列的两端的序列。

 

 

2.生物信息学分析

 

根据高通量芯片数据,经过大型服务器处理,进行以下几项专业的生物信息学分析:

 

 

 

A、芯片数据预处理:对实验数据质量评估,预处理及均一化处理。

 

B、差异LncRNA和mRNA 的筛选:

             

 

 

图:差异LncRNA和mRNA 的筛选

 

C、聚类分析:针对芯片结果进行样本及差异表达LncRNA和mRNA的聚类,寻找属于同一表达趋势的基因或样本。

 

 

聚类分析

 

 

D、功能富集分析:差异基因,应用数据库进行功能富集分析,挖掘具有统计学意义的差异表达基因的功能类别。

 

 

功能富集分析聚类分析

 

E、LncRNA-mRNA/microRNA相关性分析:根据设定的阈值筛选LncRNA与mRNA/microRNA关系对,构建LncRNA-mRNA共表达网络。

 

 

 

图:LncRNA-mRNA/microRNA相关性分析

 

F、LncRNA靶基因预测:基于LncRNA与mRNA/miRNA表达相关性以及LncRNA与mRNA/microRNA基因组位置近邻关系,得到LncRNA的潜在靶标基因。以及通过网络数据库miR CODE、Cat RAPID等进行预测LncRNA可能调控的miRNA和基因。(个性化定制)

 

 

图:miRcode数据库

 

 

图:CatRAPID数据库

 

G、LncRNA功能分析:对于已知功能的LncRNA,我们对LncRNA进行功能标注。对于未知功能的LncRNA,我们预测其功能,并进行功能富集分析。(个性化定制)

 

3LncRNA的功能研究

 

A、LncRNA的表达变化-汉恒生物独有高灵敏度LncRNA检测技术(LncPrimerTM

通过汉恒生物独有高灵敏度LncRNA检测引物库(LncPrimerTM,利用QPCR、FISH技术,在各种细胞、动物模型中,检测LncRNA在细胞和组织水平的分布和变化。

 

B、Gain of  Function(体内和体外)

利用汉恒生物HanbioTM系列高效表达病毒载体(慢病毒、腺病毒等)全长过表达LncRNA

 

                                            

 

汉恒生物HanbioTM系列-高效过表达慢病毒和腺病毒载体

 

C、Loss of  Function(体内和体外)

 

◆ 合成片段siRNA;

 

◆ 汉恒生物HanbioTM系列高效表达病毒载体(慢病毒、腺病毒等)表达shRNA;

 

                   

 

 

汉恒生物HanbioTM系列-高效下调慢病毒和腺病毒载体

 

◆ ASO(antisenseoligonucleotide,反义寡核苷酸),主要针对细胞核内的反义RNA起作用。

 

D、LncRNA沉默与定位分析(Combined knockdown and localization analysis of noncoding RNAs, c-KLAN)技术 

 

 

图:c-KLAN技术

 

4LncRNA的调控机制研究 

 

A表观遗传研究-DNA甲基化

利用MSPBSP技术,研究LncRNADNA甲基化的调控。

 

B表观遗传研究-染色质重塑

利用ChIP技术,研究LncRNA对染色质重塑的调控。

 

C转录调控研究

通过EMSARIP(下图所示)、ChIRPCo-IP等技术,研究LncRNA