在以往蛋白组学研究过程中先进行二维(2D)凝较电泳，切取蛋白点，再用质谱方法鉴定蛋白点中的蛋白质。这种方法既不是非常敏感，也不是非常精确。仅仅知道蛋白质的身份并不足以对蛋白质给出最终定论，因为蛋白质的浓度对于实现其在细胞中的功能来说极其重要，一种特殊蛋白质在浓度上的变化，就能预示细胞的突变过程。因此对蛋白质的相对和绝对浓度进行测量，是很重要的事情。iTRAQ技术可以对任何类型的蛋白质进行鉴定，包括高分子量蛋白质，酸性蛋白质和碱性蛋白质，而2D凝胶电泳对这些蛋白质却束手无策。而且，2D凝胶电泳无法对膜蛋白那样的不溶性蛋白质进行分析，但是iTRAQ标记系统和质谱法联合使用可解决这些问题。

iTRAQ的操作程序一般如下：将蛋白质裂解为肽段，然后用iTRAQ试剂进行差异标记，再将标记的样本相混合，这样就可以对其进行比较。与样本结合后，通常用用2D液相色谱串联质谱进行后续的分析。在质谱分析鉴定特殊肽离子片断结构的基础上，采用美国应用生物系统公司的软件包MASCOT和Protein Pilot对每一个肽段进行鉴定。

同时本公司还可以提供双向电泳（2-DE）、荧光差异凝胶双向电泳（DIGE）、蛋白质肽指纹图谱鉴定（PMF）、串联质谱鉴定（MALDI-TOF/TOF）、ESI源LC-MS/MS、Shotgun混合蛋白鉴定、蛋白质De-novo测序、蛋白质磷酸化和二硫键位点分析、蛋白质精确分子量测定、western-blot、免疫组化、病理学检测、荧光定量PCR、生物信息学分析等服务。

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